文献管理软件Zotero基础及进阶示范
我的文献管理软件使用历史极其悠久，先后是：
- Endnote Windows版：十多年前，一位师兄，如今的小牛，曾经用[Endnote]下载过十年的JPSP论文，然后一篇一篇批注，从那时起，文献管理软件给我留下了极其深刻的印象；
- 老友创业团队开发的[NoteExpress]，当之无愧的国内Windows下文献管理No.1。因为太熟悉它的诞生与发展历程，所以它也是我使用年头最长的文献管理软件，积累的文献库好几G。
- Endnote Mac版：07、08年慢慢转到Mac下，不得不抛弃[NoteExpress]了。
在Mac下，先后试用与比较过[Papers2]与[mendeley]。但是因为种种原因，最终还是回到Zotero下。有感于国内对这么一款极其优秀的开源软件非常不了解，特别介绍它的入门与进阶知识。
注册Zotero新账号并下载
登陆https://www.zotero.org/user/register/，注册一个自己的Zotero账号，请特别记住，username会直接生成个性域名，别乱起，未来会有些不方便。
下载Zotero单机版，也就是Zotero Standalone。Mac、Windows等通用。
http://www.zotero.org/download/
也可以下载firefox插件版，但是我更推荐单机版。两者的区别如下：
下载之后安装默认提示一路安装。
配置Zotero
打开Zotero，找到[首选项]或偏好：
在同步一栏输入前面注册的账号，这样，文献库可以同步到[Zotero]官网。
创建一个用来保存文献库的根目录，假设是：/users/ouyang/dev/zotero 继续配置：
[Zotero]官网默认的存储空间有限，所以，我们需要一个小技巧，将文献库里面保存PDF文档的目录，分离开，放到[dropbox]目录下同步。回到刚才创建的：/users/ouyang/dev/zotero 目录，其中的storage目录是拿来保存PDF等文档的，将其剪切到[dropbox]目录下，如下图所示：
打开终端或shell，创建一个软连接，让[Zotero]认出该目录：
ln -s /users/ouyang/dropbox/zotero/storage /users/ouyang/dev/zotero/storage
回头看，/users/ouyang/dev/zotero 目录下多了一个软链接，表示成功了。
接下去，在配置这里安装pdf索引：
以及，将默认输出格式，更改为APA第六版：
导入第一篇文献
好了，准备工作做完了。现在，让我们导入第一篇文献。Zotero支持以下六种导入方法：
- 互联网自动识别：Web Translators (URL bar icon)
- 手动输入：Manual Input or Edit From a bibliographic
- 文件导入：format (RIS, BibTeX, MARC, etc.)
- 通过标示符增加：Add by identifier (DOI, ISBN, PMID)
- 通过PDF元数据识别：Add PDF then Retrieve Metadata
- 从网页识别：Get any Webpage with basic data
先让我们找找成就感，从最容易的开始。通过Web Translators，互联网自动识别。
打开豆瓣网站，随便找一本书，让我们以前一篇文章[心智十二宫]中的[我生活的种种模式]为例，它的豆瓣网页是：
http://book.douban.com/subject/1065156/
请特别注意，你的Chrome浏览器上会多出一个图书的标识！点击它，保存即可。
打开[Zotero]软件，我们会发现，之前鼠标定位的子类下面，会多出一个条目，如下图所示：
更有趣的是，[我生活的种种模式]这本书的豆瓣网址直接保存下来了，下次直接点击即可。这就是[Zotero]极其强大的Web Translators 功能，它可以根据世界上主要的信息资讯网站，生成相应的图标，比如，豆瓣的图书就是图书的小符号，维基百科则是维基类的小图标。更强大的是，一切你想保存资讯的网站，你可以定制Web Translators，然后保存在之前我们创建的根目录：
/users/ouyang/dev/zotero 下面的translators目录里面。如下图所示：
小提醒：如果没有多出这个图标，Web Translators 功能没有生效，是插件安装失误，请通过Chrome网上应用店，安装：Zotero Connector。
导入维基百科
通过集体智慧的协作，目前[Zotero]软件的Web Translators已经几乎支持世界上主要高质量资讯网站，如维基百科、Google学术。现在，让我们继续找点成就感，自动导入维基百科试试看。
学习一门新学科，常常需要知道学科中的牛人，维基百科的列表功能就是非常强大的资讯源。我们打开它的认知科学家列表，基本代表了功成名就的认知科学家们：
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_cognitive_scientists
我们会发现，这次图标与保存豆瓣的图书图标不一样了！哈哈，变成一个百科全书的图标了，如下图所示：
我们仍然点击保存，好的，文献库就有了！
嗯？这次保存下来的为什么与上次的不太一样！多了个快照？点击看看！原来这是[Zotero]软件的另一个强大而贴心的功能，它自动将网页的快照拍摄下来了。这样，未来这个网页消失了，我们的资讯还没丢失！
导入Google学术
一次一次导入一篇，并不是学术研究时的常见现象。更常见的是，批量导入多篇。让我们以Google学术库为例。打开Google学术库，我们输入检索关键词，[netlogo]，一个网络仿真常用软件。
http://scholar.google.com/scholar?q=netlogo&btnG=&hl=zh-CN&as_sdt=0%2C5
我们发现，这次浏览器的图标变成一个文件夹！这就意味着，有多篇文献识别出来，需要保存。
点击文件夹图标，然后弹出对话窗口，我们挑选一篇引用率排第一、带PDF文档的保存下来：
打开[Zotero]软件，我们怒了！作为一个开源软件，它为什么能这么贴心！Google学术里面带PDF文档，刚才弹出窗口提示有PDF字眼的，它连关联PDF也关联起来了！如下图所示：
通过标示符增加
总有一些文献，google学术检索不出来（虽然，这个概率越来越低）。这个时候，需要我们手动添加。
让我们以前一篇文章[我们为什么害怕学习]为例，通过豆瓣，找到[Why Don’t Students like School]这本书的ISBN是：9780470591963。如下图所示：
我们启动[Zotero]软件，点击通过标示符增加的按钮：
输入ISBN：9780470591963。即可添加成功，如下图所示：
这次我们继续怒了！开源软件的贴心程度已经超出我们想象，这次保存下来的图书信息，多了什么呢！原来，多了两条笔记，来自出版商的介绍！
好的，接下去，我将我写的笔记保存进来。选中图书名字，点击右键：添加笔记。一般用户可以直接在这里写笔记。
如果是Markdown与Mou用户，则不要在这里直接写笔记，代码会额外混乱，点击html选项：
将Mou生成的html内容复制过去：
效果如下图所示，非常漂亮的笔记出来了！
小提醒：不过这么整理还是略微有些麻烦，笔者正在想办法，将[Zotero]与[Mou]、[Evernote]的配合更智能化。
导入Endnote数据库
好的，我们有大量的文献是使用其它文献管理软件管理的，怎么导入？以最流行、最常用的[Endnote]为例。选择File=>Export，如下图所示，记得一定要将导出风格选为：Endnote Export：
然后，导出的文本文件，直接导入到[Zotero]中即可，更复杂的导入方法，可以参考各类教程。
导入PDF文档
有不少之前下载好的PDF文献，尤其是一些本来是从学术数据库下载的文献，它们支持PDF元数据功能，这样就非常省事，可以直接拖到[Zotero]中来，然后会自动将其文献信息识别出来。
如下图所示，我们将一个PDF文档拖到自己的项目文件夹中来，然后选择右键：[抓取PDF的元数据]，
就自动根据PDF元数据生成相关文献信息了：
Zotero进阶示例：文献可视化
在上面这个导入例子中，我们用的是同事的一篇学位论文的参考文献库，研究的主题是青少年与社会网络分析。我们尝试对这些文献进行可视化分析。
首先，需要安装插件papermachines，下载xpi文件，http://chrisjr.github.com/papermachines/，文件地址是：http://www.papermachines.org/download/papermachines-0.4.4.xpi
我们通过[Zotero]的插件安装，如下图所示：
然后点击：Install Add-on from File…
找到之前下载的xpi文件，安装好，重启[Zotero]。
然后选中我们要进行文献分析的库，如下图所示：
第一次运行，需要继续重启[Zotero]，重启之后，就好了，点击各类，查看文献可视化的结果：
这是以标签云形式对一百多篇文献进行分析的结果，接下去，我们可以换个视图：
我们可以清晰地发现，我同事的学位论文中，引用的文献聚焦在：青少年吸烟、社会网络、同辈群体、关系等主题上。
Zotero更多资源
Zotero还有更多进阶玩法，在这里不展开讲了。各位感兴趣的敬请查阅资料：
入门教程
- zotero中文快速入门：http://www.zotero.org/support/zh/quick_start_guide
- Zotero中文入门介绍：http://www.zotero.org/support/_media/zotero_miniguide.pdf
- 台湾中央研究院计算中心关于Zotero的介绍：http://ascc.sinica.edu.tw/iascc/articals.php?_section=2.4&_op=?articalID:3934
- MIT图书馆的教程：http://libguides.mit.edu/zotero
- Washington University St. Louis: http://libguides.wustl.edu/zotero
- Zotero入门介绍：http://www.slideshare.net/adam3smith/intro-zotero *你为什么需要Zotero：其中关于六类人的漫画描述，极其生动。
- 研究生2.0关于Zotero的介绍
- 老杨与他本科同学写的Zotero介绍
核心插件
- Zotero插件大全
- zotero插件集合
- Papermachine
- Zotfile
- Multi-Lingual Zotero
- Qnotero
- Translator testing
- Zotero隐藏的偏好：http://www.zotero.org/support/preferences/hidden_preferences
- RTF Scan
版式风格在线可视编辑
整合工具
- Omeka : Zotero开发学校的另一个项目
- editorsnotes
- Zotero开发机构的其他项目：http://chnm.gmu.edu/research-and-tools/
移动支持
http://www.zotero.org/blog/zotero-apps-go-mobile/
小结
与其说[Zotero]是一个文献管理软件，不如说是一个知识管理平台。选择开源软件，就是选择一个生态链，这是与商业软件，如[Papers2]、[mendeley]或[Endnote]非常不一样的地方。
在前文文献管理软件Zotero基础及进阶示范中，主要介绍了作为文献管理工具、学术工具的Zotero。今天说说作为一个超级强大的知识管理工具的Zotero，比如书签管理、网页收藏、分类知识体系、快速学习等。
Tag体系的问题
这么多年，我认识的朋友，除非是超级勤奋的，一般正常人，很少有坚持使用tag系统成功的。它 存在什么问题？
- 在收藏的时候，无法坚持输入多个tag系统，有的多，有的少，甚至有的没有，导致最后凌乱；
- 当事先非常规整的Tag系统，一旦由于对某个Tag的描述改变，导致很多前面的Tag更改不及时；
- 需要记忆与复习的时候，Tag提取不便，因为Tag系统总会随着时间崩溃
简而言之，Tag系统的本质并不适合分类，而是【印象】系统，这才是Tag系统的本意。但是，太多的人将其当做分类工具在使用，最后导致得不偿失，付出的精力往往得不到相应的产出。人类的最佳知识表征结构是什么？
我提过多次的MIT认知科学家Josh（今年将来中国做邀请演讲）发表在pnas的论文中，比较了抽象知识的不同表征结构，如星形结构、聚类结构、环形结构等等，最终还是意识到，人类的最佳知识结构是树形结构。只有树形结构，才是最符合人类认知特点的一种结构，从树的上一层到下一层，是具备唯一通道，便于大脑将知识从记忆底层快速提取出来，符合人类大脑是个认知吝啬鬼的特点；树又是兼具横向扩展与纵向扩展能力的最优雅的结构。所以，儿童学习词汇时，最初是将物体进行扁平互斥的划分并对应到不同名称，当他们意识到，以树形结构来学习时，他们的认知开始大幅度发展。这种神秘的树形结构不仅仅影响到儿童早期的认知发展，在科学界，也处处可以看到神秘之树的身影，如门捷列夫的元素周期表开创近代化学；卡尔·冯·林奈使用树形结构创立了对自然世界的基本分类法。
Tag系统与树形结构相反，它实质上是非常违背人们学习与记忆提取的规律的。尤其当Tag更多是Tag，而不是树形结构的时候。它是个云形结构，会随着时间变迁而动荡。记忆恰巧需要的不是这类时间动荡。所以，太多人对Tag系统进行了种种改良，这种改良本质上，都是在放弃Tag自身，使用了主从类的，更贴近树形结构的改良。
Zotero的分类
作为对Tag系统的改良。在Zotero中，我们不推荐将Tag作为分类使用，而更多当做【印象】使用！请记住，Tag始终会随着时间而动荡甚至走向崩溃！所以，更重要的是，你当时当下对该文档的【印象】，而不是【分类】！
那么，如何更好分类？
- 以基本属性作为分类，基本属性是你可以很快归类的，不太会随时间动荡的；
- 再使用搜索代替随时间动荡的内容；
- 不再将Tag作为【分类】属性；而是当下【印象】工具。
如下图所示：
作为知识管理工具的Zotero示例
Zotero提供了一个非常强大的自定义搜索功能。类似于自动归类的文件夹。以下试举几例。
本周带全文需要阅读的学术论文PDF
点击：我的文献库，右键，新建搜索。如下图所示：
创建条件，如下图所示：
github优秀开源库收藏
豆瓣好书精选
诸如此类不等。总之，可以尽情发挥想象力，定制出各类自动化的搜索分类。进一步，有熟悉js脚本的朋友，完全可以打开根目录，自定义自己的条目类型，如github、如微博。
事实上，大量的条目类型，已经由全世界网友提供了并且编写好了各类脚本，如推特、如维基百科、如readability、如Google图书、如Google博客。参见：
https://github.com/zotero/translators
如果自己撰写，可参考文档：
http://niche-canada.org/member-projects/zotero-guide/chapter1.html http://www.huangwei.me/blog/2011/01/06/write_zotero_translator/
作为快速学习的Zotero
维基百科是最佳的入门知识首选，Zotero可以创建知识的收藏时间线，如下图所示：
全文搜索的改进
Zotero由于是西方开源者开发，对中文、全文检索能力有时候不如Evernote等，如何改进？
由于Zotero是条目存储与附件相互分分离的。这么一来，只要使用你的桌面搜索工具，将Zotero的存储目录，即storage目录，加入到相应偏好里面。那么，你可以轻而易举拥有更强大、更快捷地，对你所有存储的网页快照、文献的全文检索。
在Windows下，可以使用Google桌面搜索；在Mac下，则自带的spotlight已经支持。如下图所示：
打开research.html页面一看，这就是保存在我们本地的网页快照：
file://localhost/Users/ouyang/Dropbox/zotero/storage/3PHJNDJE/research.html
然后打开Zotero，输入存储中的唯一标示符：3PHJNDJE。如下图所示，这样就非常快地借助超级强大的第三方全文检索工具，定位到Zotero中的内容了：
进一步，因为Zotero完全开源，包括同步去向，也可以搭建自己的同步服务器，在同步服务器上使用elasticsearch等搭建自己的超强全文检索库。
继续小白文风格，多图，高手慎入。很多亲朋好友们，都是卡在上手工具的那么几个关键小步骤。导致完全回避好的方法与工具，使用上个世纪的研究理念干苦力活。
人有时会念旧，十多年前，互联网可不是今天这样子。那时，我们谈论R语言、数据挖掘与文献管理，我们在谈论什么？昨晚，偶尔翻出当年担任版主的统计论坛：百岛潮统计论坛，时光如水，百岛潮当年单纯的气质已默默成为每人青春回忆中美好的一部分。
如今这个时代，知识看似垂手可得，研究日益变为职业与市场交易，研究的技术也跟随演化。继续前两天话题，将研究辅助工具再次说透彻点。这次侧重社交与移动。
移动的Zotero
以iPad的Safari为例，安卓的Chrome步骤大同小异。说说如何给Safari增加保存到Zotero文献库的选项。
步骤1：随便选一个页面，将它加入到Safari书签。如下图所示：
步骤2，打开iPad的设置，找到Safari，如下图所示，将【总是显示书签栏】给选为【on】。
步骤3，打开iPad的Safari，然后触摸书签，再触摸【书签栏】，如下图所示：
步骤4：好的，关键点到了！将之前在步骤1保存的Zotero，点击编辑，将网址更改为Zotero书签的内容。从这里复制：
http://www.zotero.org/downloadbookmarklet
如下图所示：
复制之后，效果如图：
步骤5：好的，大功告成，在平板上的Zotero.org网站，登陆一下你的账号，记住选择记住密码。然后随便挑选个论文库或者豆瓣读书试试看，我们会发现成功保存到云端的文献库中了。
平板的Zotero
一般习惯用Kindle读电子书，读PDF还是习惯平板设备。主要是批注速度、阅读速度较快。以下以iPad为例。同样，Zotero也支持安卓设备。
先从神器1Notability讲起。
Notability是一个好评如潮的PDF阅读与批注APP。如何与Zotero配合？关键点在第一篇文中的小技巧，将Zotero的条目与存储相互分离。Zotero的数据库仅仅用于保存条目等；而Dropbox用于保存PDF、网页快照等。
这么一来，通过Notability自带的与Dropbox自动同步的功能，就可以非常愉快与轻松地使用手指或者触控笔手写笔记。
步骤如下，
步骤1：购买并安装Notability
它非常物美价廉。安装后打开。
步骤2：在dropbox下面的zotero目录创建note目录
请记住！在老文文献管理软件Zotero基础及进阶示范 第一步建立的Dropbox下面的Zotero新建一个笔记目录！这是用来存放自动同步的笔记的，与存放PDF、电子书、网页快照的storage目录平级！如下图所示：
步骤3：设置Dropbox自动同步
回到Notability的设置里面，继续在import dropbox里面设置。如下图所示，选择设置：
打开之后，选择自动同步选项：
一步一步往下设置，选择Dropbox。
这是个比较关键的步骤，未来很多技巧会用到这个路径。所以，请务必选择刚才步骤2的[note]目录。
接下去，选择同步格式了。又是个关键步骤，一般建议选择rtfd格式。这是富文档格式，这样才能够直接保存录音、图片等。
步骤4：导入Zotero里面保存的PDF文档，并写批注
好的，大功告成。现在点击import，然后导入dropbox=>storage目录下面的pdf即可。如下图所示：
导入时，会询问你是否创建新笔记，选择是即可。打开pdf，开始阅读，并做批注。这里有很多不同于上个世纪的技巧。说三个 我常用的。
- 使用录音代替打字做笔记！尤其是给别人讲Paper的时候，使用录音的效果会更好！
- 对于部分外部配套图书或者好资料，及时拍照存档。
- 买一只电容笔 ，来在iPad上手写批注与笔记。
如下图所示：
神器1Notability与Zotero的配合，已经非常完美了，不过查找PDF的时候，还是略有不便。对于难以忍受这些不便的极端完美主义者来说，可以自己去编译或者购买开源的iPad APP：Zotpad，它的github网址是：https://github.com/mronkko/ZotPad
好的，现在云端Dropbox会自动同步多媒体格式的笔记成功。我们解压rtfd格式之后，打开文档看看，如下图所示：
哈哈，直接点击播放声音，声音、笔记都在一起了！接下去的扫尾工作，可以将文档以附件形式归到相应Zotero的条目下。
社交的Zotero
有很多需要拉人讨论或者实验室、课题组共享一批文献。则可以在Zotero里面，创建一个私密或者公开的群组。如下图所示：
两大辅助神器：Altmetric与Utopia
Altmetric
刚才这个办法，仅仅是自己实验室内部的文献共享。那么，如何知道全世界关于这篇文献的意见呢？Altmetric就是拿来干这个的！将这个页面的书签拖到Chrome菜单栏上即可。
http://www.altmetric.com/bookmarklet.php
然后，当你在网页上读到任何一篇文献，让我们 以 @Zwai 在《心智简报》中翻译的这篇文章Is working memory training effective? A meta-analytic review为例。它的原文地址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22612437
打开网页，然后点击Chrome书签栏上，我们在前一个步骤创建的书签：Altmetric。奇迹发生了！我们获得了一个分数，以及获得了全世界主要的媒体、博客、推特们对这篇文献的讨论。它是社交媒体中非常热门的一个讨论话题。（当然，在中国并不热门:D）如下图所示：
然后，我们查看详情，更酷了，获得了非常深入与专业的来源分析。如下图所示：
http://altmetric.com/details.php?citation_id=770688
我们了解到，有92人在推特上讨论过这篇文章，有2位博客作者写过对它的介绍。在研究社交网站上，有79位Mendeley读者下载与阅读过这篇文献，有1位CiteULike读者下载与阅读过这篇文献。
Utopia
但是，很多PDF文档，事先下载好了，我们一篇一篇这么去查它的社交媒体影响力，岂不是累死？专为研究2.0时代而生的Utopia来了！同样是免费、跨平台。下载地址是：
http://getutopia.com/download.php
这是个专注PDF阅读的神器。由老友@鍾智敏wiswood介绍。utopia文档（以下简称utopia）是一款令人惊奇，免费、跨平台好软件，界面简洁优雅。它专注于学术PDF阅读，实现了什么？对PDF的笔记分享与数据加载！类似于kindle加载其他读者写过的批注！还可加载第三方数据，比如维基百科、生物化学数据等。同样，更酷的是，它的online模式，默认会将该篇PDF文档的社交媒体信息读取出来，比如上文altmetric分数。同样，不仅仅是altmetric分数，utopia还会调用大量第三方高质量信息源的API，读出它的授权信息等。
仍然以Is working memory training effective? A meta-analytic review这篇文献为例，我们下载过来，http://www.apa.org/pubs/journals/releases/dev-49-2-270.pdf
通过utopia打开：
当我们默认是online模式的时候，utopia这个PDF阅读器会自动加载它的altmetric分数等信息。
当然，utopia的功能不仅仅局限于此，它支持大量第三方高质量信息源，如它的入门文档描述一样：http://getutopia.com/quickstart.php
感兴趣的读者，可以去阅读utopia团队发表的学术论文：
http://getutopia.com/publications.php
目前，《生物化学杂志》已经使用它，通过与第三方命科学的数据的协作，让每一篇论文都变得动态起来。如何与Zotero配套使用，将utopia变为默认PDF阅读器即可。更进一步的做法则是，调用altmetric，整理文献。
mendeley与Zotero的同步
软件不是非此即彼的互斥关系。mendeley善于识别PDF元数据信息，大量处理PDF时，交给它好了。mendeley提供了Zotero同步功能。如下图所示：
小结
今天的信息日益海量，通过各类社会化过滤器，使得我们能够与同行保持更密切的联系，比如专注科学文献社交媒体影响力评估的altmetric等。同样，时代的变迁也正在诞生大量优秀的神器，如专注于平板笔记的神器1Notability与专注于学术PDF阅读的神器2[utopia]。这些神器，在以Zotero作为主文献库的配合之下，将发挥更强大的战斗力。
有友邻反映dropbox读出来的是凌乱的目录路径，比如一连串字符，导致在平板电脑上阅读不方便。
解决这一问题，请使用插件Zotfile。但是，该插件尚不支持Zotero4.0，请换回Zotero 3.0老版本。3.0下载地址是：http://www.zotero.org/support/3.0
然后再下载Zotfile插件，下载地址是：http://www.jlegewie.com/zotfile.html
下载好了，在Drobox目录下面，创建一个tablet目录，如下图所示：
然后安装好Zotfile插件。安装好了，重启Zotero，设置参数：
设置你日常下载pdf的路径，让它监视你的PDF下载文件夹：
然后关键步骤到了！设置平板电脑参数：
启动支持平板电脑的参数，设置之前创建的dropbox目录：
/Users/ouyang/Dropbox/zotero/tablet
好的。完成了。
回到Zotero主界面。调出之前创建的搜索【近7天需要阅读的PDF】或者任意一个带PDF文档的目录，=》全选=》右键=》批量更改PDF文件，这样，非常漂亮的PDF文件名就出来了！比如：
Karpicke_Roediger_2008_The Critical Importance of Retrieval for Learning.pdf
这是作者名-发表年份-论文名的自动重命名。
同样，全选之后，发送到Tablets，就会将这些PDF文件发送到一个单独的tablets目录下面：
然后在iPad或者安卓平板里面，打开dropbox下面的tablets目录即可。使用[Notability]等之前介绍过的PDF批注软件，正常批注即可。
如下图所示：
批注完了，可以在Zotero软件界面之后，取回所有PDF。如下图所示：
以上步骤的英文解说参见：http://www.columbia.edu/~jpl2136/zotfile.html#tablet
正好Dropbox中文版近日发布，祝大家使用愉快:D
之前写过四篇关于Zotero技巧的帖子。
- Zotero（1）：文献管理软件Zotero基础及进阶示范
- Zotero（2）：作为知识管理工具的Zotero
- Zotero（3）：平板与社交：再谈研究辅助工具Zotero兼配套APP
- Zotero（4）：Zotero之Zotfile插件的使用
在找这几篇旧文的朋友，可以去我的个人博客看看，存档在那里：http://t.cn/z8dHbTM 多数技巧还没过时。今天这篇帖子则侧重，如何打造一个半自动化的电子文献资料管理流程。这篇不讲基础安装、云同步等技巧，前面帖子已经讲得够多了。让我们开干吧，超详细，众多技巧汇合，请耐心看。
问题1：如何快速收藏电子书或者论文？
假设在豆瓣看了一本好书，如丹尼特新作【直觉泵】，网址如下：
点击浏览器右上角的Zotero图标，收藏即可：
好了，打开Zotero，我们看到，该书已经保存在这里了。
同样，对于论文你也可以如此处理，参照老文章，建议多使用Google Scholar
问题2：如何标记文献的重要性？
步骤如下：
1、在丹尼特这本书的条目这里，创建一个【重要文献】类似标签；
2、在界面的左下角，找到【重要文献】该标签，然后右键，对该标签指派颜色：
比如红色，同时会指派快捷键，如【1】如下图所示：
3、以上操作只需要执行一次。未来就很爽了，看到好文献，直接键盘按【1】就表示喜欢。最多可分配6个数字。比如，1表示非常重要文献，2表示比较重要文献，诸如此类。
问题3：怎么判断文献重要性？
我们怎么判断文献特别重要呢？有三个简单办法：
- 作者的重要性：比如【H指数】
- 文献的引用次数：比如【Google学术引用次数】
- 文献的学术社交媒体影响力，比如【altmetric分数】
以前的文章与我最近的微博，都谈过最后一个办法【altmetric分数】，这里就不详细说了。只说第一个与第二个办法：H指数与Google学术引用次数。先说第一个：H指数。
H指数是什么？如果人际关系混得不错，在30以上，一般在国内可以拿下学霸地位。超过50，凤毛麟角，属于普通老百姓要珍惜的大牛级别科学家。比如，施一公是60。
比如，丹尼特这位作者的H指数可以在这里查询：Daniel C. Dennett - Google Scholar Citations
我们发现他高达68，那么就表示这位作者非常重要：
我们对丹尼特这本书标记为很重要，那么，选中它，按个【1】就可以了，效果如下图所示：
接下来，我们说说第二个简单办法，【Google学术引用次数】。当然，你可以去Google学术，查看被引次数，然后手动添加。比如，丹尼特这本书被引用9次：
不过，懒鬼可不是这思路。我们可以借助插件自动更新【Google学术引用次数】。
因为新读者可能是第一次接触Zotero插件安装，这里多解释几句如何安装插件。
1、打开Zotero的【插件】窗口，位置如下所示：
2、然后下载插件，比如该插件的下载地址是：
3、下载好了，回到Zotero的插件安装界面，如下图所示：
安装好了，如有必要，重启Zotero即可。
好的，继续回到丹尼特这本书。我们点击右键，更新一下引用即可。
问题马上来了，更新完了，我们看条目的【引用次数】那里还是空的啊！老阳，这是怎么回事！
别急，这是该插件开发者为了避免将你条目自带的【引用次数】字段与【Google学术引用次数】冲突，所以，他将其保存在【其它】那个字段里面去了。怎么显示它？如下图所示：
勾上它就可以了。我们再重新看一下界面，哇，【Google学术引用次数】真的有了！如下图所示：
丹尼特大神这本书因为才出版没多久，所以才被引9次。而另一位大神2004年出版的Culture, leadership, and organizations，因为属于某个流派开山之作，被引用了3281次。
因为zotero-scholar-citations这个插件是可以批量更新【Google学术引用次数】的。如此一来，我们标记论文、图书重要性，就更容易了。不过需要特别注意的是，Google学术本身为了防止机器人，做了限制，你一次别更新太多文献了，那样，将弹出一个窗口，Google需要你填入验证码，确定你不是机器人，才能继续更新。
问题4：怎样查找英文原版电子书？
说一下怎么查找英文原版书。
1、电子书检索：http://t.cn/zY3Vmkp
这几个网站可检索到70%网上曾出现过的；
2、私有数据库：如果是心理学，推荐APA的psycinfo数据库与MIT的cognet数据库，新书多半可查到；
3、国家图书馆的英文新书非常齐全，多半可复印到，同时可辅以各高校藏书；
4、亚马逊，尤其是kindle直接购买电子书。
问题5：如何保存电子书？
好的，丹尼特这本书，我们假设已经查到了电子书。但是，从网上下载的电子书，命名乱七八糟，不一定符合你的规律，同时，能否自动将下载的电子书导入到Zotero库中？
有，这就是我之前在：Zotero（4）：Zotero之Zotfile插件的使用 中介绍过的Zotfile插件。
安装办法仍然同上一个插件一样，我们在它的官网找到插件下载：
http://www.jlegewie.com/zotfile.html
假设，我们平时从网上下载电子资料，都放在【download】目录下面，那么，在插件中心那里，设置Zotfile的常用目录是【download】目录。如下图所示：
继续：
完工！未来我们下载电子书时，就会自动导入。它的原理是这样的：
1、假设在Zotero中，我们的鼠标正选中了丹尼特这本书的条目。
2、此时，我们通过浏览器，下载了这本书的电子版，保存在【download】目录下面。那么，插件Zotfile就会识别出来，并且默认认为这个电子文件是该条目的附件。然后自动导入过来。它默认支持pdf、doc、txt等格式，你也可以设置更多格式，如常用的epub、mobi格式，如下图所示：
3、同时，导入文件成功后，会自动将文件重命名为【作者_出版年份_文献标题】这种格式。当然，你不喜欢这种文件名格式，也可以在刚才那里自定义其它命名方法。
成功后，如下图所示：
以前那些乱七八糟的PDF怎么处理呢？我们可以将每本电子书拖到对应条目下面。然后批量重命名即可。如下图所示：
问题6：如何写笔记？
好了，收藏狂们一般非常乐意干前面5个步骤，却不太喜欢干这个步骤：读书与写笔记。
Zotero现已支持用Markdown格式写笔记，强！步骤如下，
1）在插件中心，安装Markdown here插件，http://t.cn/8kxA5bG
2）重启后，找到条目，然后新建一笔记，如下图所示：
我们开始用Markdown语法写笔记。这是笔记原文。
按下快捷键：【ctrl+alt+m】，你用Markdown写的笔记就生成为漂亮的文档了！下图是生成效果：
什么？你还在问：Markdown语法是什么？枉我推广这么久。。。
去读这里：Markdown在线写作速成
问题7：Zotero如何配合altmetric分数？
什么是altmetric分数？它可以查出在论文互引网站、推特、科学博客、专业科学媒体上对论文的议论等。 当然，仅限国外科学媒体。
Zotero如何配合使用？我之前的两篇老文章介绍比较详细了，
这里重点讲讲平板上，如iPad上如何配合使用。
科技发展真快，zotero配合altmetric分数，可以按照论文社交媒体影响力，来排序了。这样同行在看的重要论文一目了然了。如下图所示：
将文献按照altmetric分数排序即可。然后社交媒体影响越大的，就越排在前面。扫了一下今年我看的论文，同行热议的，集中在：
- 1、研究方法的讨论，第一篇就是；
- 2、计算社会科学类，如第二篇就是Facebook线索识别人格；
- 3、某个生理区域的突破；
- 4、纵向跟踪研究，如第五篇发现书呆子有利于保护认知老化。
问题8：看资料看晕了，怎么办？
有一种学问，叫做【科学计量学】，研究【科学的科学】，之前也写过很多文章介绍了。比如这篇：
其实，Zotero也可以完成类似任务。这就是我之前介绍过的papermachine插件。下载地址在这里：
How to Use Paper Machines | Paper Machines
对一个类别论文进行【文献可视化】分析，结果如下。先看词云（Word Cloud）的分析结果，如下图所示：
再看看Topic Modeling的分析结果。如下图所示：
前者可以看出该子类论文关键词；后者可看出从1990到2010年，该研究领域随时间的动荡。当然，我选择的示范数据不好，并不能体现出其厉害之处。
一个不算遗憾的小提醒是，papermachine插件目前只支持英文等语种论文分析，另一个问题是，它对版本兼容性要求较高。
问题9：mendeley与 Zotero，哪个更好？
这又是一个读者老问我的问题，谁叫这个世界上，有一种叫做【选择障碍】的病。这么说吧，开源世界的发展速度快于你的想象。 mendeley 被商业公司收购后，很多拥抱开放科学理念的科学家，开始抵制mendeley了，转投Zotero怀抱。如这位：
昨晚帮大家，再次测试mendeley，看一下它最新进展如何，结果还是不得不放弃，安心用我的zotero。它的缺点有什么呢？
- 其一，对于文献量庞大到一定程度的人，程序崩溃太频繁；
- 其二，它的zotero整合功能，还是无法自动导入子文件夹；
- 其三，搜索全方位弱于zotero，在Zotero中，我可以任意定义诸如【豆瓣近7天看的书】，【30天前看的BBS这本刊物的论文】，以备复习使用，而mendeley难以做到；
- 其四，mendeley超过2g空间就收费。Zotero至少10g空间随便用。
- 其五，对于中国用户来说，mendeley还有个致命缺点，无法导入豆瓣读书记录与github的程序库；无法将笔记与论文区分开。这样，只能将其当做文献管理软件而非知识管理软件用。
贵阳小杨哥(http://blog.yesmryang.net/tags/Zotero/)，也是忠实的开源软件Zotero推广者，在我的微博评论下，补充道：
Zotero早就可以把「附件」和「题录」分开放置了！附件放Dropbox/skydrive/百度盘什么的，20G不是问题！
小结
开源程序的发展速度往往超出人们想象。目前Zotero引领的开源引文格式项目——CSL，已经突破六千多期刊。以致商业科技出版公司的人不敢相信。每过一些日子，你又会发现一些好用的小技巧。隔一段时间，对天天用的软件，更新使用模式，是个好习惯。同时，开源程序总具备一种质朴的美。Zotero将电子书或PDF、笔记、引用文献三者放在一起，从下载电子书或PDF，到阅读、做标注、写笔记，再到引用，一条龙服务，非常方便。有特别不满意的地方，源代码公开了，自己修改就好了。
我们还可以自定义这些zotero搜索类别：【2013年看过的书】、【2013年看过的论文】与【2013年写过的读书笔记】、【2013年阅读的最重要的论文】或者【2013年同行评价最高的论文】。年底这么整理一下，温故而知新，也很有成就感:D
相关旧文
本文假设你已经详细阅读过前面五篇，对Zotero有一定基础了。
Q1. 如何批量抓取PDF文档，快速了解研究者重点
在前面的文章中，你应该学会一个重要技巧了，就是通过【google学术】，根据作者名字或者论文名字，搜索出论文全文，然后批量保存到Zotero中。
但是，现实生活中，还常常存在另一类需求。就是作者很慷慨地提供了自己所有论文的PDF文档，列在个人网站上，以备同行引用。
因为作者自己提供的文档往往清晰度更高、比【Google学术】中根据作者名字搜出来的更齐全一些。怎么批量下载，然后导入到Zotero中？让我们来举个例子。
APA今年的奖评刚出来了。每年这些奖项里面，【早期职业生涯贡献奖】 与 【杰出贡献奖】 参考价值不错，一个代表心理学未来，获奖者：http://t.cn/8kxCp3n 一个代表心理学过去，获奖者：http://t.cn/8kxCp3E
其中，Linda B. Smith很猛，近两年双丰收。才拿2013年侧重认知科学基础卓越贡献奖的David E. Rumelhart奖（现在火爆的深度学习大牛Hinton是第一个拿这个奖的），今年又拿 【杰出贡献奖】 。她的个人主页：http://t.cn/8kxphwG
我们就以她的论文为例。
步骤如下：
1、安装一个chrome的批量下载插件：
Chrome Web Store - DownloadAll
2、访问Linda B. Smith提供出版物的网页，她恰巧在自己的个人网站上，提供了PDF全文列表，网址如下：
Cognitive Development Lab - Indiana University. Bloomington
点击该插件，如下图所示：
选择后缀为pdf，开始下载。如下图所示：
牛人发的论文就是多，一百多篇，咱们可以去喝杯咖啡，让它慢慢下载，如下图所示：
3、打开Zotero，新建一个目录，用于导入这些pdf，比如，我们建个目录，叫做：Linda B. Smith。
4、然后将下载的pdf文件，全部拖入到Linda B. Smith这个目录即可。如果你实在不知道怎么拖，就这么来，找到：【链接文件副本。。。】，然后按住shift键，选中所有下载的pdf文件。如下图所示：
如果PDF文件太多，电脑内存较少，请注意别死机，可以考虑分批链接。
5、接下来，我们根据下载的PDF，批量生成文献信息，如下图所示，选中所有PDF文件，右键：
有些没找到文献信息的PDF，要么是年代过早，要么是版本保护问题，咱们先不管它。也请特别注意，一次别更新太多文献信息，【Google学术】目前有同一时间请求数量限制，50篇以内最好，超过后请稍候片刻。
6、最后，看一下所有论文的【google学术引用次数】，按照【其它】字段排序。这样，我们就可以知道Linda B. Smith的核心论文是哪几篇了。
Q2. 如何建立自己的个性化知识库
今天，受我鼓吹，开始用Zotero的几位朋友，都在问我同一个问题：为什么不能保存国内某某网站、某某网站呢？
答：这是设计哲学的不同，它只默认抓取高质量信息，如google学术、science、经济学人、华尔街日报这些。 国内那些信息质量差的网站，不看也罢。
这是Zotero已支持的信息来源：http://t.cn/zTqrKc3
你可以自定义更多信息来源，或拍个网页快照来保存。如下图所示：
自定义信息类型与网页快照的区别是，网页快照不区分网页来源，也不进行个性化处理。无论来自什么网站，都统一是拍个快照。自定义信息类型，则可以进行更多精细加工处理。比如，将Zotero知识库列出什么菜谱、TED视频、问答。未来，你可以基于这个自定义信息类型，去进行更多的操作。你可以将它理解为一种对网上半结构化信息进行处理的手段。
在Zotero中，这个自定义信息类型，一般叫做：translators。有以下四种：
- Web translators：比如，抓取豆瓣图书，将其数据类型整理为book。这是一位开发者写好的：zotero/translators
- Import translators
- Export translators
- Search translators
第一种是最常用的。我们可以借助于Web translators，定义自己的TED视频库、菜谱库。。。只要你想得到，都可以处理。第一次定义成功后，未来，你再次访问时，直接网页收藏即可。
那么，如何自定义信息库呢？自定义Zotero抓取信息类型非常容易，无需太多编程知识，只需对github与js有点基础就可以了。 Zotero也提供了一个插件，参见该插件：http://t.cn/8k6CVsb 与该文档：[dev:translators [Zotero Documentation］(http://www.zotero.org/support/dev/translators)
小结
本文介绍了两个Zotero实用技巧。一个是当研究者提供了所有出版物时，如何批量下载，以及根据批量下载后的PDF生成文献引用信息，继而根据【google学术引用次数】找出她最重要的论文；一个是，如何保存任意网页，并根据自己个性化需求，开发自定义的translators，从而打造一个个性化的知识库。#文献管理软件Zotero基础及进阶示范
我的文献管理软件使用历史极其悠久，先后是：
- Endnote Windows版：十多年前，一位师兄，如今的小牛，曾经用[Endnote]下载过十年的JPSP论文，然后一篇一篇批注，从那时起，文献管理软件给我留下了极其深刻的印象；
- 老友创业团队开发的[NoteExpress]，当之无愧的国内Windows下文献管理No.1。因为太熟悉它的诞生与发展历程，所以它也是我使用年头最长的文献管理软件，积累的文献库好几G。
- Endnote Mac版：07、08年慢慢转到Mac下，不得不抛弃[NoteExpress]了。
在Mac下，先后试用与比较过[Papers2]与[mendeley]。但是因为种种原因，最终还是回到Zotero下。有感于国内对这么一款极其优秀的开源软件非常不了解，特别介绍它的入门与进阶知识。
注册Zotero新账号并下载
登陆https://www.zotero.org/user/register/，注册一个自己的Zotero账号，请特别记住，username会直接生成个性域名，别乱起，未来会有些不方便。
下载Zotero单机版，也就是Zotero Standalone。Mac、Windows等通用。
http://www.zotero.org/download/
也可以下载firefox插件版，但是我更推荐单机版。两者的区别如下：
下载之后安装默认提示一路安装。
配置Zotero
打开Zotero，找到[首选项]或偏好：
在同步一栏输入前面注册的账号，这样，文献库可以同步到[Zotero]官网。
创建一个用来保存文献库的根目录，假设是：/users/ouyang/dev/zotero 继续配置：
[Zotero]官网默认的存储空间有限，所以，我们需要一个小技巧，将文献库里面保存PDF文档的目录，分离开，放到[dropbox]目录下同步。回到刚才创建的：/users/ouyang/dev/zotero 目录，其中的storage目录是拿来保存PDF等文档的，将其剪切到[dropbox]目录下，如下图所示：
打开终端或shell，创建一个软连接，让[Zotero]认出该目录：
ln -s /users/ouyang/dropbox/zotero/storage /users/ouyang/dev/zotero/storage
回头看，/users/ouyang/dev/zotero 目录下多了一个软链接，表示成功了。
接下去，在配置这里安装pdf索引：
以及，将默认输出格式，更改为APA第六版：
导入第一篇文献
好了，准备工作做完了。现在，让我们导入第一篇文献。Zotero支持以下六种导入方法：
- 互联网自动识别：Web Translators (URL bar icon)
- 手动输入：Manual Input or Edit From a bibliographic
- 文件导入：format (RIS, BibTeX, MARC, etc.)
- 通过标示符增加：Add by identifier (DOI, ISBN, PMID)
- 通过PDF元数据识别：Add PDF then Retrieve Metadata
- 从网页识别：Get any Webpage with basic data
先让我们找找成就感，从最容易的开始。通过Web Translators，互联网自动识别。
打开豆瓣网站，随便找一本书，让我们以前一篇文章[心智十二宫]中的[我生活的种种模式]为例，它的豆瓣网页是：
http://book.douban.com/subject/1065156/
请特别注意，你的Chrome浏览器上会多出一个图书的标识！点击它，保存即可。
打开[Zotero]软件，我们会发现，之前鼠标定位的子类下面，会多出一个条目，如下图所示：
更有趣的是，[我生活的种种模式]这本书的豆瓣网址直接保存下来了，下次直接点击即可。这就是[Zotero]极其强大的Web Translators 功能，它可以根据世界上主要的信息资讯网站，生成相应的图标，比如，豆瓣的图书就是图书的小符号，维基百科则是维基类的小图标。更强大的是，一切你想保存资讯的网站，你可以定制Web Translators，然后保存在之前我们创建的根目录：
/users/ouyang/dev/zotero 下面的translators目录里面。如下图所示：
小提醒：如果没有多出这个图标，Web Translators 功能没有生效，是插件安装失误，请通过Chrome网上应用店，安装：Zotero Connector。
导入维基百科
通过集体智慧的协作，目前[Zotero]软件的Web Translators已经几乎支持世界上主要高质量资讯网站，如维基百科、Google学术。现在，让我们继续找点成就感，自动导入维基百科试试看。
学习一门新学科，常常需要知道学科中的牛人，维基百科的列表功能就是非常强大的资讯源。我们打开它的认知科学家列表，基本代表了功成名就的认知科学家们：
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_cognitive_scientists
我们会发现，这次图标与保存豆瓣的图书图标不一样了！哈哈，变成一个百科全书的图标了，如下图所示：
我们仍然点击保存，好的，文献库就有了！
嗯？这次保存下来的为什么与上次的不太一样！多了个快照？点击看看！原来这是[Zotero]软件的另一个强大而贴心的功能，它自动将网页的快照拍摄下来了。这样，未来这个网页消失了，我们的资讯还没丢失！
导入Google学术
一次一次导入一篇，并不是学术研究时的常见现象。更常见的是，批量导入多篇。让我们以Google学术库为例。打开Google学术库，我们输入检索关键词，[netlogo]，一个网络仿真常用软件。
http://scholar.google.com/scholar?q=netlogo&btnG=&hl=zh-CN&as_sdt=0%2C5
我们发现，这次浏览器的图标变成一个文件夹！这就意味着，有多篇文献识别出来，需要保存。
点击文件夹图标，然后弹出对话窗口，我们挑选一篇引用率排第一、带PDF文档的保存下来：
打开[Zotero]软件，我们怒了！作为一个开源软件，它为什么能这么贴心！Google学术里面带PDF文档，刚才弹出窗口提示有PDF字眼的，它连关联PDF也关联起来了！如下图所示：
通过标示符增加
总有一些文献，google学术检索不出来（虽然，这个概率越来越低）。这个时候，需要我们手动添加。
让我们以前一篇文章[我们为什么害怕学习]为例，通过豆瓣，找到[Why Don’t Students like School]这本书的ISBN是：9780470591963。如下图所示：
我们启动[Zotero]软件，点击通过标示符增加的按钮：
输入ISBN：9780470591963。即可添加成功，如下图所示：
这次我们继续怒了！开源软件的贴心程度已经超出我们想象，这次保存下来的图书信息，多了什么呢！原来，多了两条笔记，来自出版商的介绍！
好的，接下去，我将我写的笔记保存进来。选中图书名字，点击右键：添加笔记。一般用户可以直接在这里写笔记。
如果是Markdown与Mou用户，则不要在这里直接写笔记，代码会额外混乱，点击html选项：
将Mou生成的html内容复制过去：
效果如下图所示，非常漂亮的笔记出来了！
小提醒：不过这么整理还是略微有些麻烦，笔者正在想办法，将[Zotero]与[Mou]、[Evernote]的配合更智能化。
导入Endnote数据库
好的，我们有大量的文献是使用其它文献管理软件管理的，怎么导入？以最流行、最常用的[Endnote]为例。选择File=>Export，如下图所示，记得一定要将导出风格选为：Endnote Export：
然后，导出的文本文件，直接导入到[Zotero]中即可，更复杂的导入方法，可以参考各类教程。
导入PDF文档
有不少之前下载好的PDF文献，尤其是一些本来是从学术数据库下载的文献，它们支持PDF元数据功能，这样就非常省事，可以直接拖到[Zotero]中来，然后会自动将其文献信息识别出来。
如下图所示，我们将一个PDF文档拖到自己的项目文件夹中来，然后选择右键：[抓取PDF的元数据]，
就自动根据PDF元数据生成相关文献信息了：
Zotero进阶示例：文献可视化
在上面这个导入例子中，我们用的是同事的一篇学位论文的参考文献库，研究的主题是青少年与社会网络分析。我们尝试对这些文献进行可视化分析。
首先，需要安装插件papermachines，下载xpi文件，http://chrisjr.github.com/papermachines/，文件地址是：http://www.papermachines.org/download/papermachines-0.4.4.xpi
我们通过[Zotero]的插件安装，如下图所示：
然后点击：Install Add-on from File…
找到之前下载的xpi文件，安装好，重启[Zotero]。
然后选中我们要进行文献分析的库，如下图所示：
第一次运行，需要继续重启[Zotero]，重启之后，就好了，点击各类，查看文献可视化的结果：
这是以标签云形式对一百多篇文献进行分析的结果，接下去，我们可以换个视图：
我们可以清晰地发现，我同事的学位论文中，引用的文献聚焦在：青少年吸烟、社会网络、同辈群体、关系等主题上。
Zotero更多资源
Zotero还有更多进阶玩法，在这里不展开讲了。各位感兴趣的敬请查阅资料：
入门教程
- zotero中文快速入门：http://www.zotero.org/support/zh/quick_start_guide
- Zotero中文入门介绍：http://www.zotero.org/support/_media/zotero_miniguide.pdf
- 台湾中央研究院计算中心关于Zotero的介绍：http://ascc.sinica.edu.tw/iascc/articals.php?_section=2.4&_op=?articalID:3934
- MIT图书馆的教程：http://libguides.mit.edu/zotero
- Washington University St. Louis: http://libguides.wustl.edu/zotero
- Zotero入门介绍：http://www.slideshare.net/adam3smith/intro-zotero *你为什么需要Zotero：其中关于六类人的漫画描述，极其生动。
- 研究生2.0关于Zotero的介绍
- 老杨与他本科同学写的Zotero介绍
核心插件
- Zotero插件大全
- zotero插件集合
- Papermachine
- Zotfile
- Multi-Lingual Zotero
- Qnotero
- Translator testing
- Zotero隐藏的偏好：http://www.zotero.org/support/preferences/hidden_preferences
- RTF Scan
版式风格在线可视编辑
整合工具
- Omeka : Zotero开发学校的另一个项目
- editorsnotes
- Zotero开发机构的其他项目：http://chnm.gmu.edu/research-and-tools/
移动支持
http://www.zotero.org/blog/zotero-apps-go-mobile/
小结
与其说[Zotero]是一个文献管理软件，不如说是一个知识管理平台。选择开源软件，就是选择一个生态链，这是与商业软件，如[Papers2]、[mendeley]或[Endnote]非常不一样的地方。
在前文文献管理软件Zotero基础及进阶示范中，主要介绍了作为文献管理工具、学术工具的Zotero。今天说说作为一个超级强大的知识管理工具的Zotero，比如书签管理、网页收藏、分类知识体系、快速学习等。
Tag体系的问题
这么多年，我认识的朋友，除非是超级勤奋的，一般正常人，很少有坚持使用tag系统成功的。它 存在什么问题？
- 在收藏的时候，无法坚持输入多个tag系统，有的多，有的少，甚至有的没有，导致最后凌乱；
- 当事先非常规整的Tag系统，一旦由于对某个Tag的描述改变，导致很多前面的Tag更改不及时；
- 需要记忆与复习的时候，Tag提取不便，因为Tag系统总会随着时间崩溃
简而言之，Tag系统的本质并不适合分类，而是【印象】系统，这才是Tag系统的本意。但是，太多的人将其当做分类工具在使用，最后导致得不偿失，付出的精力往往得不到相应的产出。人类的最佳知识表征结构是什么？
我提过多次的MIT认知科学家Josh（今年将来中国做邀请演讲）发表在pnas的论文中，比较了抽象知识的不同表征结构，如星形结构、聚类结构、环形结构等等，最终还是意识到，人类的最佳知识结构是树形结构。只有树形结构，才是最符合人类认知特点的一种结构，从树的上一层到下一层，是具备唯一通道，便于大脑将知识从记忆底层快速提取出来，符合人类大脑是个认知吝啬鬼的特点；树又是兼具横向扩展与纵向扩展能力的最优雅的结构。所以，儿童学习词汇时，最初是将物体进行扁平互斥的划分并对应到不同名称，当他们意识到，以树形结构来学习时，他们的认知开始大幅度发展。这种神秘的树形结构不仅仅影响到儿童早期的认知发展，在科学界，也处处可以看到神秘之树的身影，如门捷列夫的元素周期表开创近代化学；卡尔·冯·林奈使用树形结构创立了对自然世界的基本分类法。
Tag系统与树形结构相反，它实质上是非常违背人们学习与记忆提取的规律的。尤其当Tag更多是Tag，而不是树形结构的时候。它是个云形结构，会随着时间变迁而动荡。记忆恰巧需要的不是这类时间动荡。所以，太多人对Tag系统进行了种种改良，这种改良本质上，都是在放弃Tag自身，使用了主从类的，更贴近树形结构的改良。
Zotero的分类
作为对Tag系统的改良。在Zotero中，我们不推荐将Tag作为分类使用，而更多当做【印象】使用！请记住，Tag始终会随着时间而动荡甚至走向崩溃！所以，更重要的是，你当时当下对该文档的【印象】，而不是【分类】！
那么，如何更好分类？
- 以基本属性作为分类，基本属性是你可以很快归类的，不太会随时间动荡的；
- 再使用搜索代替随时间动荡的内容；
- 不再将Tag作为【分类】属性；而是当下【印象】工具。
如下图所示：
作为知识管理工具的Zotero示例
Zotero提供了一个非常强大的自定义搜索功能。类似于自动归类的文件夹。以下试举几例。
本周带全文需要阅读的学术论文PDF
点击：我的文献库，右键，新建搜索。如下图所示：
创建条件，如下图所示：
github优秀开源库收藏
豆瓣好书精选
诸如此类不等。总之，可以尽情发挥想象力，定制出各类自动化的搜索分类。进一步，有熟悉js脚本的朋友，完全可以打开根目录，自定义自己的条目类型，如github、如微博。
事实上，大量的条目类型，已经由全世界网友提供了并且编写好了各类脚本，如推特、如维基百科、如readability、如Google图书、如Google博客。参见：
https://github.com/zotero/translators
如果自己撰写，可参考文档：
http://niche-canada.org/member-projects/zotero-guide/chapter1.html http://www.huangwei.me/blog/2011/01/06/write_zotero_translator/
作为快速学习的Zotero
维基百科是最佳的入门知识首选，Zotero可以创建知识的收藏时间线，如下图所示：
全文搜索的改进
Zotero由于是西方开源者开发，对中文、全文检索能力有时候不如Evernote等，如何改进？
由于Zotero是条目存储与附件相互分分离的。这么一来，只要使用你的桌面搜索工具，将Zotero的存储目录，即storage目录，加入到相应偏好里面。那么，你可以轻而易举拥有更强大、更快捷地，对你所有存储的网页快照、文献的全文检索。
在Windows下，可以使用Google桌面搜索；在Mac下，则自带的spotlight已经支持。如下图所示：
打开research.html页面一看，这就是保存在我们本地的网页快照：
file://localhost/Users/ouyang/Dropbox/zotero/storage/3PHJNDJE/research.html
然后打开Zotero，输入存储中的唯一标示符：3PHJNDJE。如下图所示，这样就非常快地借助超级强大的第三方全文检索工具，定位到Zotero中的内容了：
进一步，因为Zotero完全开源，包括同步去向，也可以搭建自己的同步服务器，在同步服务器上使用elasticsearch等搭建自己的超强全文检索库。
继续小白文风格，多图，高手慎入。很多亲朋好友们，都是卡在上手工具的那么几个关键小步骤。导致完全回避好的方法与工具，使用上个世纪的研究理念干苦力活。
人有时会念旧，十多年前，互联网可不是今天这样子。那时，我们谈论R语言、数据挖掘与文献管理，我们在谈论什么？昨晚，偶尔翻出当年担任版主的统计论坛：百岛潮统计论坛，时光如水，百岛潮当年单纯的气质已默默成为每人青春回忆中美好的一部分。
如今这个时代，知识看似垂手可得，研究日益变为职业与市场交易，研究的技术也跟随演化。继续前两天话题，将研究辅助工具再次说透彻点。这次侧重社交与移动。
移动的Zotero
以iPad的Safari为例，安卓的Chrome步骤大同小异。说说如何给Safari增加保存到Zotero文献库的选项。
步骤1：随便选一个页面，将它加入到Safari书签。如下图所示：
步骤2，打开iPad的设置，找到Safari，如下图所示，将【总是显示书签栏】给选为【on】。
步骤3，打开iPad的Safari，然后触摸书签，再触摸【书签栏】，如下图所示：
步骤4：好的，关键点到了！将之前在步骤1保存的Zotero，点击编辑，将网址更改为Zotero书签的内容。从这里复制：
http://www.zotero.org/downloadbookmarklet
如下图所示：
复制之后，效果如图：
步骤5：好的，大功告成，在平板上的Zotero.org网站，登陆一下你的账号，记住选择记住密码。然后随便挑选个论文库或者豆瓣读书试试看，我们会发现成功保存到云端的文献库中了。
平板的Zotero
一般习惯用Kindle读电子书，读PDF还是习惯平板设备。主要是批注速度、阅读速度较快。以下以iPad为例。同样，Zotero也支持安卓设备。
先从神器1Notability讲起。
Notability是一个好评如潮的PDF阅读与批注APP。如何与Zotero配合？关键点在第一篇文中的小技巧，将Zotero的条目与存储相互分离。Zotero的数据库仅仅用于保存条目等；而Dropbox用于保存PDF、网页快照等。
这么一来，通过Notability自带的与Dropbox自动同步的功能，就可以非常愉快与轻松地使用手指或者触控笔手写笔记。
步骤如下，
步骤1：购买并安装Notability
它非常物美价廉。安装后打开。
步骤2：在dropbox下面的zotero目录创建note目录
请记住！在老文文献管理软件Zotero基础及进阶示范 第一步建立的Dropbox下面的Zotero新建一个笔记目录！这是用来存放自动同步的笔记的，与存放PDF、电子书、网页快照的storage目录平级！如下图所示：
步骤3：设置Dropbox自动同步
回到Notability的设置里面，继续在import dropbox里面设置。如下图所示，选择设置：
打开之后，选择自动同步选项：
一步一步往下设置，选择Dropbox。
这是个比较关键的步骤，未来很多技巧会用到这个路径。所以，请务必选择刚才步骤2的[note]目录。
接下去，选择同步格式了。又是个关键步骤，一般建议选择rtfd格式。这是富文档格式，这样才能够直接保存录音、图片等。
步骤4：导入Zotero里面保存的PDF文档，并写批注
好的，大功告成。现在点击import，然后导入dropbox=>storage目录下面的pdf即可。如下图所示：
导入时，会询问你是否创建新笔记，选择是即可。打开pdf，开始阅读，并做批注。这里有很多不同于上个世纪的技巧。说三个 我常用的。
- 使用录音代替打字做笔记！尤其是给别人讲Paper的时候，使用录音的效果会更好！
- 对于部分外部配套图书或者好资料，及时拍照存档。
- 买一只电容笔 ，来在iPad上手写批注与笔记。
如下图所示：
神器1Notability与Zotero的配合，已经非常完美了，不过查找PDF的时候，还是略有不便。对于难以忍受这些不便的极端完美主义者来说，可以自己去编译或者购买开源的iPad APP：Zotpad，它的github网址是：https://github.com/mronkko/ZotPad
好的，现在云端Dropbox会自动同步多媒体格式的笔记成功。我们解压rtfd格式之后，打开文档看看，如下图所示：
哈哈，直接点击播放声音，声音、笔记都在一起了！接下去的扫尾工作，可以将文档以附件形式归到相应Zotero的条目下。
社交的Zotero
有很多需要拉人讨论或者实验室、课题组共享一批文献。则可以在Zotero里面，创建一个私密或者公开的群组。如下图所示：
两大辅助神器：Altmetric与Utopia
Altmetric
刚才这个办法，仅仅是自己实验室内部的文献共享。那么，如何知道全世界关于这篇文献的意见呢？Altmetric就是拿来干这个的！将这个页面的书签拖到Chrome菜单栏上即可。
http://www.altmetric.com/bookmarklet.php
然后，当你在网页上读到任何一篇文献，让我们 以 @Zwai 在《心智简报》中翻译的这篇文章Is working memory training effective? A meta-analytic review为例。它的原文地址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22612437
打开网页，然后点击Chrome书签栏上，我们在前一个步骤创建的书签：Altmetric。奇迹发生了！我们获得了一个分数，以及获得了全世界主要的媒体、博客、推特们对这篇文献的讨论。它是社交媒体中非常热门的一个讨论话题。（当然，在中国并不热门:D）如下图所示：
然后，我们查看详情，更酷了，获得了非常深入与专业的来源分析。如下图所示：
http://altmetric.com/details.php?citation_id=770688
我们了解到，有92人在推特上讨论过这篇文章，有2位博客作者写过对它的介绍。在研究社交网站上，有79位Mendeley读者下载与阅读过这篇文献，有1位CiteULike读者下载与阅读过这篇文献。
Utopia
但是，很多PDF文档，事先下载好了，我们一篇一篇这么去查它的社交媒体影响力，岂不是累死？专为研究2.0时代而生的Utopia来了！同样是免费、跨平台。下载地址是：
http://getutopia.com/download.php
这是个专注PDF阅读的神器。由老友@鍾智敏wiswood介绍。utopia文档（以下简称utopia）是一款令人惊奇，免费、跨平台好软件，界面简洁优雅。它专注于学术PDF阅读，实现了什么？对PDF的笔记分享与数据加载！类似于kindle加载其他读者写过的批注！还可加载第三方数据，比如维基百科、生物化学数据等。同样，更酷的是，它的online模式，默认会将该篇PDF文档的社交媒体信息读取出来，比如上文altmetric分数。同样，不仅仅是altmetric分数，utopia还会调用大量第三方高质量信息源的API，读出它的授权信息等。
仍然以Is working memory training effective? A meta-analytic review这篇文献为例，我们下载过来，http://www.apa.org/pubs/journals/releases/dev-49-2-270.pdf
通过utopia打开：
当我们默认是online模式的时候，utopia这个PDF阅读器会自动加载它的altmetric分数等信息。
当然，utopia的功能不仅仅局限于此，它支持大量第三方高质量信息源，如它的入门文档描述一样：http://getutopia.com/quickstart.php
感兴趣的读者，可以去阅读utopia团队发表的学术论文：
http://getutopia.com/publications.php
目前，《生物化学杂志》已经使用它，通过与第三方命科学的数据的协作，让每一篇论文都变得动态起来。如何与Zotero配套使用，将utopia变为默认PDF阅读器即可。更进一步的做法则是，调用altmetric，整理文献。
mendeley与Zotero的同步
软件不是非此即彼的互斥关系。mendeley善于识别PDF元数据信息，大量处理PDF时，交给它好了。mendeley提供了Zotero同步功能。如下图所示：
小结
今天的信息日益海量，通过各类社会化过滤器，使得我们能够与同行保持更密切的联系，比如专注科学文献社交媒体影响力评估的altmetric等。同样，时代的变迁也正在诞生大量优秀的神器，如专注于平板笔记的神器1Notability与专注于学术PDF阅读的神器2[utopia]。这些神器，在以Zotero作为主文献库的配合之下，将发挥更强大的战斗力。
有友邻反映dropbox读出来的是凌乱的目录路径，比如一连串字符，导致在平板电脑上阅读不方便。
解决这一问题，请使用插件Zotfile。但是，该插件尚不支持Zotero4.0，请换回Zotero 3.0老版本。3.0下载地址是：http://www.zotero.org/support/3.0
然后再下载Zotfile插件，下载地址是：http://www.jlegewie.com/zotfile.html
下载好了，在Drobox目录下面，创建一个tablet目录，如下图所示：
然后安装好Zotfile插件。安装好了，重启Zotero，设置参数：
设置你日常下载pdf的路径，让它监视你的PDF下载文件夹：
然后关键步骤到了！设置平板电脑参数：
启动支持平板电脑的参数，设置之前创建的dropbox目录：
/Users/ouyang/Dropbox/zotero/tablet
好的。完成了。
回到Zotero主界面。调出之前创建的搜索【近7天需要阅读的PDF】或者任意一个带PDF文档的目录，=》全选=》右键=》批量更改PDF文件，这样，非常漂亮的PDF文件名就出来了！比如：
Karpicke_Roediger_2008_The Critical Importance of Retrieval for Learning.pdf
这是作者名-发表年份-论文名的自动重命名。
同样，全选之后，发送到Tablets，就会将这些PDF文件发送到一个单独的tablets目录下面：
然后在iPad或者安卓平板里面，打开dropbox下面的tablets目录即可。使用[Notability]等之前介绍过的PDF批注软件，正常批注即可。
如下图所示：
批注完了，可以在Zotero软件界面之后，取回所有PDF。如下图所示：
以上步骤的英文解说参见：http://www.columbia.edu/~jpl2136/zotfile.html#tablet
正好Dropbox中文版近日发布，祝大家使用愉快:D
之前写过四篇关于Zotero技巧的帖子。
- Zotero（1）：文献管理软件Zotero基础及进阶示范
- Zotero（2）：作为知识管理工具的Zotero
- Zotero（3）：平板与社交：再谈研究辅助工具Zotero兼配套APP
- Zotero（4）：Zotero之Zotfile插件的使用
在找这几篇旧文的朋友，可以去我的个人博客看看，存档在那里：http://t.cn/z8dHbTM 多数技巧还没过时。今天这篇帖子则侧重，如何打造一个半自动化的电子文献资料管理流程。这篇不讲基础安装、云同步等技巧，前面帖子已经讲得够多了。让我们开干吧，超详细，众多技巧汇合，请耐心看。
问题1：如何快速收藏电子书或者论文？
假设在豆瓣看了一本好书，如丹尼特新作【直觉泵】，网址如下：
点击浏览器右上角的Zotero图标，收藏即可：
好了，打开Zotero，我们看到，该书已经保存在这里了。
同样，对于论文你也可以如此处理，参照老文章，建议多使用Google Scholar
问题2：如何标记文献的重要性？
步骤如下：
1、在丹尼特这本书的条目这里，创建一个【重要文献】类似标签；
2、在界面的左下角，找到【重要文献】该标签，然后右键，对该标签指派颜色：
比如红色，同时会指派快捷键，如【1】如下图所示：
3、以上操作只需要执行一次。未来就很爽了，看到好文献，直接键盘按【1】就表示喜欢。最多可分配6个数字。比如，1表示非常重要文献，2表示比较重要文献，诸如此类。
问题3：怎么判断文献重要性？
我们怎么判断文献特别重要呢？有三个简单办法：
- 作者的重要性：比如【H指数】
- 文献的引用次数：比如【Google学术引用次数】
- 文献的学术社交媒体影响力，比如【altmetric分数】
以前的文章与我最近的微博，都谈过最后一个办法【altmetric分数】，这里就不详细说了。只说第一个与第二个办法：H指数与Google学术引用次数。先说第一个：H指数。
H指数是什么？如果人际关系混得不错，在30以上，一般在国内可以拿下学霸地位。超过50，凤毛麟角，属于普通老百姓要珍惜的大牛级别科学家。比如，施一公是60。
比如，丹尼特这位作者的H指数可以在这里查询：Daniel C. Dennett - Google Scholar Citations
我们发现他高达68，那么就表示这位作者非常重要：
我们对丹尼特这本书标记为很重要，那么，选中它，按个【1】就可以了，效果如下图所示：
接下来，我们说说第二个简单办法，【Google学术引用次数】。当然，你可以去Google学术，查看被引次数，然后手动添加。比如，丹尼特这本书被引用9次：
不过，懒鬼可不是这思路。我们可以借助插件自动更新【Google学术引用次数】。
因为新读者可能是第一次接触Zotero插件安装，这里多解释几句如何安装插件。
1、打开Zotero的【插件】窗口，位置如下所示：
2、然后下载插件，比如该插件的下载地址是：
3、下载好了，回到Zotero的插件安装界面，如下图所示：
安装好了，如有必要，重启Zotero即可。
好的，继续回到丹尼特这本书。我们点击右键，更新一下引用即可。
问题马上来了，更新完了，我们看条目的【引用次数】那里还是空的啊！老阳，这是怎么回事！
别急，这是该插件开发者为了避免将你条目自带的【引用次数】字段与【Google学术引用次数】冲突，所以，他将其保存在【其它】那个字段里面去了。怎么显示它？如下图所示：
勾上它就可以了。我们再重新看一下界面，哇，【Google学术引用次数】真的有了！如下图所示：
丹尼特大神这本书因为才出版没多久，所以才被引9次。而另一位大神2004年出版的Culture, leadership, and organizations，因为属于某个流派开山之作，被引用了3281次。
因为zotero-scholar-citations这个插件是可以批量更新【Google学术引用次数】的。如此一来，我们标记论文、图书重要性，就更容易了。不过需要特别注意的是，Google学术本身为了防止机器人，做了限制，你一次别更新太多文献了，那样，将弹出一个窗口，Google需要你填入验证码，确定你不是机器人，才能继续更新。
问题4：怎样查找英文原版电子书？
说一下怎么查找英文原版书。
1、电子书检索：http://t.cn/zY3Vmkp
这几个网站可检索到70%网上曾出现过的；
2、私有数据库：如果是心理学，推荐APA的psycinfo数据库与MIT的cognet数据库，新书多半可查到；
3、国家图书馆的英文新书非常齐全，多半可复印到，同时可辅以各高校藏书；
4、亚马逊，尤其是kindle直接购买电子书。
问题5：如何保存电子书？
好的，丹尼特这本书，我们假设已经查到了电子书。但是，从网上下载的电子书，命名乱七八糟，不一定符合你的规律，同时，能否自动将下载的电子书导入到Zotero库中？
有，这就是我之前在：Zotero（4）：Zotero之Zotfile插件的使用 中介绍过的Zotfile插件。
安装办法仍然同上一个插件一样，我们在它的官网找到插件下载：
http://www.jlegewie.com/zotfile.html
假设，我们平时从网上下载电子资料，都放在【download】目录下面，那么，在插件中心那里，设置Zotfile的常用目录是【download】目录。如下图所示：
继续：
完工！未来我们下载电子书时，就会自动导入。它的原理是这样的：
1、假设在Zotero中，我们的鼠标正选中了丹尼特这本书的条目。
2、此时，我们通过浏览器，下载了这本书的电子版，保存在【download】目录下面。那么，插件Zotfile就会识别出来，并且默认认为这个电子文件是该条目的附件。然后自动导入过来。它默认支持pdf、doc、txt等格式，你也可以设置更多格式，如常用的epub、mobi格式，如下图所示：
3、同时，导入文件成功后，会自动将文件重命名为【作者_出版年份_文献标题】这种格式。当然，你不喜欢这种文件名格式，也可以在刚才那里自定义其它命名方法。
成功后，如下图所示：
以前那些乱七八糟的PDF怎么处理呢？我们可以将每本电子书拖到对应条目下面。然后批量重命名即可。如下图所示：
问题6：如何写笔记？
好了，收藏狂们一般非常乐意干前面5个步骤，却不太喜欢干这个步骤：读书与写笔记。
Zotero现已支持用Markdown格式写笔记，强！步骤如下，
1）在插件中心，安装Markdown here插件，http://t.cn/8kxA5bG
2）重启后，找到条目，然后新建一笔记，如下图所示：
我们开始用Markdown语法写笔记。这是笔记原文。
按下快捷键：【ctrl+alt+m】，你用Markdown写的笔记就生成为漂亮的文档了！下图是生成效果：
什么？你还在问：Markdown语法是什么？枉我推广这么久。。。
去读这里：Markdown在线写作速成
问题7：Zotero如何配合altmetric分数？
什么是altmetric分数？它可以查出在论文互引网站、推特、科学博客、专业科学媒体上对论文的议论等。 当然，仅限国外科学媒体。
Zotero如何配合使用？我之前的两篇老文章介绍比较详细了，
这里重点讲讲平板上，如iPad上如何配合使用。
科技发展真快，zotero配合altmetric分数，可以按照论文社交媒体影响力，来排序了。这样同行在看的重要论文一目了然了。如下图所示：
将文献按照altmetric分数排序即可。然后社交媒体影响越大的，就越排在前面。扫了一下今年我看的论文，同行热议的，集中在：
- 1、研究方法的讨论，第一篇就是；
- 2、计算社会科学类，如第二篇就是Facebook线索识别人格；
- 3、某个生理区域的突破；
- 4、纵向跟踪研究，如第五篇发现书呆子有利于保护认知老化。
问题8：看资料看晕了，怎么办？
有一种学问，叫做【科学计量学】，研究【科学的科学】，之前也写过很多文章介绍了。比如这篇：
其实，Zotero也可以完成类似任务。这就是我之前介绍过的papermachine插件。下载地址在这里：
How to Use Paper Machines | Paper Machines
对一个类别论文进行【文献可视化】分析，结果如下。先看词云（Word Cloud）的分析结果，如下图所示：
再看看Topic Modeling的分析结果。如下图所示：
前者可以看出该子类论文关键词；后者可看出从1990到2010年，该研究领域随时间的动荡。当然，我选择的示范数据不好，并不能体现出其厉害之处。
一个不算遗憾的小提醒是，papermachine插件目前只支持英文等语种论文分析，另一个问题是，它对版本兼容性要求较高。
问题9：mendeley与 Zotero，哪个更好？
这又是一个读者老问我的问题，谁叫这个世界上，有一种叫做【选择障碍】的病。这么说吧，开源世界的发展速度快于你的想象。 mendeley 被商业公司收购后，很多拥抱开放科学理念的科学家，开始抵制mendeley了，转投Zotero怀抱。如这位：
昨晚帮大家，再次测试mendeley，看一下它最新进展如何，结果还是不得不放弃，安心用我的zotero。它的缺点有什么呢？
- 其一，对于文献量庞大到一定程度的人，程序崩溃太频繁；
- 其二，它的zotero整合功能，还是无法自动导入子文件夹；
- 其三，搜索全方位弱于zotero，在Zotero中，我可以任意定义诸如【豆瓣近7天看的书】，【30天前看的BBS这本刊物的论文】，以备复习使用，而mendeley难以做到；
- 其四，mendeley超过2g空间就收费。Zotero至少10g空间随便用。
- 其五，对于中国用户来说，mendeley还有个致命缺点，无法导入豆瓣读书记录与github的程序库；无法将笔记与论文区分开。这样，只能将其当做文献管理软件而非知识管理软件用。
贵阳小杨哥(http://blog.yesmryang.net/tags/Zotero/)，也是忠实的开源软件Zotero推广者，在我的微博评论下，补充道：
Zotero早就可以把「附件」和「题录」分开放置了！附件放Dropbox/skydrive/百度盘什么的，20G不是问题！
小结
开源程序的发展速度往往超出人们想象。目前Zotero引领的开源引文格式项目——CSL，已经突破六千多期刊。以致商业科技出版公司的人不敢相信。每过一些日子，你又会发现一些好用的小技巧。隔一段时间，对天天用的软件，更新使用模式，是个好习惯。同时，开源程序总具备一种质朴的美。Zotero将电子书或PDF、笔记、引用文献三者放在一起，从下载电子书或PDF，到阅读、做标注、写笔记，再到引用，一条龙服务，非常方便。有特别不满意的地方，源代码公开了，自己修改就好了。
我们还可以自定义这些zotero搜索类别：【2013年看过的书】、【2013年看过的论文】与【2013年写过的读书笔记】、【2013年阅读的最重要的论文】或者【2013年同行评价最高的论文】。年底这么整理一下，温故而知新，也很有成就感:D
相关旧文
本文假设你已经详细阅读过前面五篇，对Zotero有一定基础了。
Q1. 如何批量抓取PDF文档，快速了解研究者重点
在前面的文章中，你应该学会一个重要技巧了，就是通过【google学术】，根据作者名字或者论文名字，搜索出论文全文，然后批量保存到Zotero中。
但是，现实生活中，还常常存在另一类需求。就是作者很慷慨地提供了自己所有论文的PDF文档，列在个人网站上，以备同行引用。
因为作者自己提供的文档往往清晰度更高、比【Google学术】中根据作者名字搜出来的更齐全一些。怎么批量下载，然后导入到Zotero中？让我们来举个例子。
APA今年的奖评刚出来了。每年这些奖项里面，【早期职业生涯贡献奖】 与 【杰出贡献奖】 参考价值不错，一个代表心理学未来，获奖者：http://t.cn/8kxCp3n 一个代表心理学过去，获奖者：http://t.cn/8kxCp3E
其中，Linda B. Smith很猛，近两年双丰收。才拿2013年侧重认知科学基础卓越贡献奖的David E. Rumelhart奖（现在火爆的深度学习大牛Hinton是第一个拿这个奖的），今年又拿 【杰出贡献奖】 。她的个人主页：http://t.cn/8kxphwG
我们就以她的论文为例。
步骤如下：
1、安装一个chrome的批量下载插件：
Chrome Web Store - DownloadAll
2、访问Linda B. Smith提供出版物的网页，她恰巧在自己的个人网站上，提供了PDF全文列表，网址如下：
Cognitive Development Lab - Indiana University. Bloomington
点击该插件，如下图所示：
选择后缀为pdf，开始下载。如下图所示：
牛人发的论文就是多，一百多篇，咱们可以去喝杯咖啡，让它慢慢下载，如下图所示：
3、打开Zotero，新建一个目录，用于导入这些pdf，比如，我们建个目录，叫做：Linda B. Smith。
4、然后将下载的pdf文件，全部拖入到Linda B. Smith这个目录即可。如果你实在不知道怎么拖，就这么来，找到：【链接文件副本。。。】，然后按住shift键，选中所有下载的pdf文件。如下图所示：
如果PDF文件太多，电脑内存较少，请注意别死机，可以考虑分批链接。
5、接下来，我们根据下载的PDF，批量生成文献信息，如下图所示，选中所有PDF文件，右键：
有些没找到文献信息的PDF，要么是年代过早，要么是版本保护问题，咱们先不管它。也请特别注意，一次别更新太多文献信息，【Google学术】目前有同一时间请求数量限制，50篇以内最好，超过后请稍候片刻。
6、最后，看一下所有论文的【google学术引用次数】，按照【其它】字段排序。这样，我们就可以知道Linda B. Smith的核心论文是哪几篇了。
Q2. 如何建立自己的个性化知识库
今天，受我鼓吹，开始用Zotero的几位朋友，都在问我同一个问题：为什么不能保存国内某某网站、某某网站呢？
答：这是设计哲学的不同，它只默认抓取高质量信息，如google学术、science、经济学人、华尔街日报这些。 国内那些信息质量差的网站，不看也罢。
这是Zotero已支持的信息来源：http://t.cn/zTqrKc3
你可以自定义更多信息来源，或拍个网页快照来保存。如下图所示：
自定义信息类型与网页快照的区别是，网页快照不区分网页来源，也不进行个性化处理。无论来自什么网站，都统一是拍个快照。自定义信息类型，则可以进行更多精细加工处理。比如，将Zotero知识库列出什么菜谱、TED视频、问答。未来，你可以基于这个自定义信息类型，去进行更多的操作。你可以将它理解为一种对网上半结构化信息进行处理的手段。
在Zotero中，这个自定义信息类型，一般叫做：translators。有以下四种：
- Web translators：比如，抓取豆瓣图书，将其数据类型整理为book。这是一位开发者写好的：zotero/translators
- Import translators
- Export translators
- Search translators
第一种是最常用的。我们可以借助于Web translators，定义自己的TED视频库、菜谱库。。。只要你想得到，都可以处理。第一次定义成功后，未来，你再次访问时，直接网页收藏即可。
那么，如何自定义信息库呢？自定义Zotero抓取信息类型非常容易，无需太多编程知识，只需对github与js有点基础就可以了。 Zotero也提供了一个插件，参见该插件：http://t.cn/8k6CVsb 与该文档：[dev:translators [Zotero Documentation］(http://www.zotero.org/support/dev/translators)
小结
本文介绍了两个Zotero实用技巧。一个是当研究者提供了所有出版物时，如何批量下载，以及根据批量下载后的PDF生成文献引用信息，继而根据【google学术引用次数】找出她最重要的论文；一个是，如何保存任意网页，并根据自己个性化需求，开发自定义的translators，从而打造一个个性化的知识库。