Zotero

文献管理软件Zotero基础及进阶示范

我的文献管理软件使用历史极其悠久,先后是:

在Mac下,先后试用与比较过[Papers2]与[mendeley]。但是因为种种原因,最终还是回到Zotero下。有感于国内对这么一款极其优秀的开源软件非常不了解,特别介绍它的入门与进阶知识。

注册Zotero新账号并下载

登陆https://www.zotero.org/user/register/,注册一个自己的Zotero账号,请特别记住,username会直接生成个性域名,别乱起,未来会有些不方便。

下载Zotero单机版,也就是Zotero Standalone。Mac、Windows等通用。

http://www.zotero.org/download/

也可以下载firefox插件版,但是我更推荐单机版。两者的区别如下:

下载之后安装默认提示一路安装。

配置Zotero

打开Zotero,找到[首选项]或偏好:

在同步一栏输入前面注册的账号,这样,文献库可以同步到[Zotero]官网。

创建一个用来保存文献库的根目录,假设是:/users/ouyang/dev/zotero 继续配置:

[Zotero]官网默认的存储空间有限,所以,我们需要一个小技巧,将文献库里面保存PDF文档的目录,分离开,放到[dropbox]目录下同步。回到刚才创建的:/users/ouyang/dev/zotero 目录,其中的storage目录是拿来保存PDF等文档的,将其剪切到[dropbox]目录下,如下图所示:

打开终端或shell,创建一个软连接,让[Zotero]认出该目录:

  ln -s /users/ouyang/dropbox/zotero/storage /users/ouyang/dev/zotero/storage

回头看,/users/ouyang/dev/zotero 目录下多了一个软链接,表示成功了。

接下去,在配置这里安装pdf索引:

以及,将默认输出格式,更改为APA第六版:

导入第一篇文献

好了,准备工作做完了。现在,让我们导入第一篇文献。Zotero支持以下六种导入方法:

先让我们找找成就感,从最容易的开始。通过Web Translators,互联网自动识别。

打开豆瓣网站,随便找一本书,让我们以前一篇文章[心智十二宫]中的[我生活的种种模式]为例,它的豆瓣网页是:

http://book.douban.com/subject/1065156/

请特别注意,你的Chrome浏览器上会多出一个图书的标识!点击它,保存即可。

打开[Zotero]软件,我们会发现,之前鼠标定位的子类下面,会多出一个条目,如下图所示:

更有趣的是,[我生活的种种模式]这本书的豆瓣网址直接保存下来了,下次直接点击即可。这就是[Zotero]极其强大的Web Translators 功能,它可以根据世界上主要的信息资讯网站,生成相应的图标,比如,豆瓣的图书就是图书的小符号,维基百科则是维基类的小图标。更强大的是,一切你想保存资讯的网站,你可以定制Web Translators,然后保存在之前我们创建的根目录:

/users/ouyang/dev/zotero 下面的translators目录里面。如下图所示:

小提醒:如果没有多出这个图标,Web Translators 功能没有生效,是插件安装失误,请通过Chrome网上应用店,安装:Zotero Connector

导入维基百科

通过集体智慧的协作,目前[Zotero]软件的Web Translators已经几乎支持世界上主要高质量资讯网站,如维基百科、Google学术。现在,让我们继续找点成就感,自动导入维基百科试试看。

学习一门新学科,常常需要知道学科中的牛人,维基百科的列表功能就是非常强大的资讯源。我们打开它的认知科学家列表,基本代表了功成名就的认知科学家们:

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_cognitive_scientists

我们会发现,这次图标与保存豆瓣的图书图标不一样了!哈哈,变成一个百科全书的图标了,如下图所示:

我们仍然点击保存,好的,文献库就有了!

嗯?这次保存下来的为什么与上次的不太一样!多了个快照?点击看看!原来这是[Zotero]软件的另一个强大而贴心的功能,它自动将网页的快照拍摄下来了。这样,未来这个网页消失了,我们的资讯还没丢失!

导入Google学术

一次一次导入一篇,并不是学术研究时的常见现象。更常见的是,批量导入多篇。让我们以Google学术库为例。打开Google学术库,我们输入检索关键词,[netlogo],一个网络仿真常用软件。

http://scholar.google.com/scholar?q=netlogo&btnG=&hl=zh-CN&as_sdt=0%2C5

我们发现,这次浏览器的图标变成一个文件夹!这就意味着,有多篇文献识别出来,需要保存。

点击文件夹图标,然后弹出对话窗口,我们挑选一篇引用率排第一、带PDF文档的保存下来:

打开[Zotero]软件,我们怒了!作为一个开源软件,它为什么能这么贴心!Google学术里面带PDF文档,刚才弹出窗口提示有PDF字眼的,它连关联PDF也关联起来了!如下图所示:

通过标示符增加

总有一些文献,google学术检索不出来(虽然,这个概率越来越低)。这个时候,需要我们手动添加。

让我们以前一篇文章[我们为什么害怕学习]为例,通过豆瓣,找到[Why Don’t Students like School]这本书的ISBN是:9780470591963。如下图所示:

我们启动[Zotero]软件,点击通过标示符增加的按钮:

输入ISBN:9780470591963。即可添加成功,如下图所示:

这次我们继续怒了!开源软件的贴心程度已经超出我们想象,这次保存下来的图书信息,多了什么呢!原来,多了两条笔记,来自出版商的介绍!

好的,接下去,我将我写的笔记保存进来。选中图书名字,点击右键:添加笔记。一般用户可以直接在这里写笔记。

如果是Markdown与Mou用户,则不要在这里直接写笔记,代码会额外混乱,点击html选项:

将Mou生成的html内容复制过去:

效果如下图所示,非常漂亮的笔记出来了!

小提醒:不过这么整理还是略微有些麻烦,笔者正在想办法,将[Zotero]与[Mou]、[Evernote]的配合更智能化。

导入Endnote数据库

好的,我们有大量的文献是使用其它文献管理软件管理的,怎么导入?以最流行、最常用的[Endnote]为例。选择File=>Export,如下图所示,记得一定要将导出风格选为:Endnote Export:

然后,导出的文本文件,直接导入到[Zotero]中即可,更复杂的导入方法,可以参考各类教程。

导入PDF文档

有不少之前下载好的PDF文献,尤其是一些本来是从学术数据库下载的文献,它们支持PDF元数据功能,这样就非常省事,可以直接拖到[Zotero]中来,然后会自动将其文献信息识别出来。

如下图所示,我们将一个PDF文档拖到自己的项目文件夹中来,然后选择右键:[抓取PDF的元数据],

就自动根据PDF元数据生成相关文献信息了:

Zotero进阶示例:文献可视化

在上面这个导入例子中,我们用的是同事的一篇学位论文的参考文献库,研究的主题是青少年与社会网络分析。我们尝试对这些文献进行可视化分析。

首先,需要安装插件papermachines,下载xpi文件,http://chrisjr.github.com/papermachines/,文件地址是:http://www.papermachines.org/download/papermachines-0.4.4.xpi

我们通过[Zotero]的插件安装,如下图所示:

然后点击:Install Add-on from File…

找到之前下载的xpi文件,安装好,重启[Zotero]。

然后选中我们要进行文献分析的库,如下图所示:

第一次运行,需要继续重启[Zotero],重启之后,就好了,点击各类,查看文献可视化的结果:

这是以标签云形式对一百多篇文献进行分析的结果,接下去,我们可以换个视图:

我们可以清晰地发现,我同事的学位论文中,引用的文献聚焦在:青少年吸烟、社会网络、同辈群体、关系等主题上。

Zotero更多资源

Zotero还有更多进阶玩法,在这里不展开讲了。各位感兴趣的敬请查阅资料:

入门教程

核心插件

版式风格在线可视编辑

整合工具

移动支持

http://www.zotero.org/blog/zotero-apps-go-mobile/

小结

与其说[Zotero]是一个文献管理软件,不如说是一个知识管理平台。选择开源软件,就是选择一个生态链,这是与商业软件,如[Papers2]、[mendeley]或[Endnote]非常不一样的地方。

在前文文献管理软件Zotero基础及进阶示范中,主要介绍了作为文献管理工具、学术工具的Zotero。今天说说作为一个超级强大的知识管理工具的Zotero,比如书签管理、网页收藏、分类知识体系、快速学习等。

Tag体系的问题

这么多年,我认识的朋友,除非是超级勤奋的,一般正常人,很少有坚持使用tag系统成功的。它 存在什么问题?

简而言之,Tag系统的本质并不适合分类,而是【印象】系统,这才是Tag系统的本意。但是,太多的人将其当做分类工具在使用,最后导致得不偿失,付出的精力往往得不到相应的产出。人类的最佳知识表征结构是什么?

我提过多次的MIT认知科学家Josh(今年将来中国做邀请演讲)发表在pnas的论文中,比较了抽象知识的不同表征结构,如星形结构、聚类结构、环形结构等等,最终还是意识到,人类的最佳知识结构是树形结构。只有树形结构,才是最符合人类认知特点的一种结构,从树的上一层到下一层,是具备唯一通道,便于大脑将知识从记忆底层快速提取出来,符合人类大脑是个认知吝啬鬼的特点;树又是兼具横向扩展与纵向扩展能力的最优雅的结构。所以,儿童学习词汇时,最初是将物体进行扁平互斥的划分并对应到不同名称,当他们意识到,以树形结构来学习时,他们的认知开始大幅度发展。这种神秘的树形结构不仅仅影响到儿童早期的认知发展,在科学界,也处处可以看到神秘之树的身影,如门捷列夫的元素周期表开创近代化学;卡尔·冯·林奈使用树形结构创立了对自然世界的基本分类法。

Tag系统与树形结构相反,它实质上是非常违背人们学习与记忆提取的规律的。尤其当Tag更多是Tag,而不是树形结构的时候。它是个云形结构,会随着时间变迁而动荡。记忆恰巧需要的不是这类时间动荡。所以,太多人对Tag系统进行了种种改良,这种改良本质上,都是在放弃Tag自身,使用了主从类的,更贴近树形结构的改良。

Zotero的分类

作为对Tag系统的改良。在Zotero中,我们不推荐将Tag作为分类使用,而更多当做【印象】使用!请记住,Tag始终会随着时间而动荡甚至走向崩溃!所以,更重要的是,你当时当下对该文档的【印象】,而不是【分类】!

那么,如何更好分类?

如下图所示:

作为知识管理工具的Zotero示例

Zotero提供了一个非常强大的自定义搜索功能。类似于自动归类的文件夹。以下试举几例。

本周带全文需要阅读的学术论文PDF

点击:我的文献库,右键,新建搜索。如下图所示:

创建条件,如下图所示:

github优秀开源库收藏

豆瓣好书精选

诸如此类不等。总之,可以尽情发挥想象力,定制出各类自动化的搜索分类。进一步,有熟悉js脚本的朋友,完全可以打开根目录,自定义自己的条目类型,如github、如微博。

事实上,大量的条目类型,已经由全世界网友提供了并且编写好了各类脚本,如推特、如维基百科、如readability、如Google图书、如Google博客。参见:

https://github.com/zotero/translators

如果自己撰写,可参考文档:

http://niche-canada.org/member-projects/zotero-guide/chapter1.html http://www.huangwei.me/blog/2011/01/06/write_zotero_translator/

作为快速学习的Zotero

维基百科是最佳的入门知识首选,Zotero可以创建知识的收藏时间线,如下图所示:

全文搜索的改进

Zotero由于是西方开源者开发,对中文、全文检索能力有时候不如Evernote等,如何改进?

由于Zotero是条目存储与附件相互分分离的。这么一来,只要使用你的桌面搜索工具,将Zotero的存储目录,即storage目录,加入到相应偏好里面。那么,你可以轻而易举拥有更强大、更快捷地,对你所有存储的网页快照、文献的全文检索。

在Windows下,可以使用Google桌面搜索;在Mac下,则自带的spotlight已经支持。如下图所示:

打开research.html页面一看,这就是保存在我们本地的网页快照:

file://localhost/Users/ouyang/Dropbox/zotero/storage/3PHJNDJE/research.html

然后打开Zotero,输入存储中的唯一标示符:3PHJNDJE。如下图所示,这样就非常快地借助超级强大的第三方全文检索工具,定位到Zotero中的内容了:

进一步,因为Zotero完全开源,包括同步去向,也可以搭建自己的同步服务器,在同步服务器上使用elasticsearch等搭建自己的超强全文检索库。

继续小白文风格,多图,高手慎入。很多亲朋好友们,都是卡在上手工具的那么几个关键小步骤。导致完全回避好的方法与工具,使用上个世纪的研究理念干苦力活。

人有时会念旧,十多年前,互联网可不是今天这样子。那时,我们谈论R语言、数据挖掘与文献管理,我们在谈论什么?昨晚,偶尔翻出当年担任版主的统计论坛:百岛潮统计论坛,时光如水,百岛潮当年单纯的气质已默默成为每人青春回忆中美好的一部分。

如今这个时代,知识看似垂手可得,研究日益变为职业与市场交易,研究的技术也跟随演化。继续前两天话题,将研究辅助工具再次说透彻点。这次侧重社交与移动。

移动的Zotero

以iPad的Safari为例,安卓的Chrome步骤大同小异。说说如何给Safari增加保存到Zotero文献库的选项。

步骤1:随便选一个页面,将它加入到Safari书签。如下图所示:

步骤2,打开iPad的设置,找到Safari,如下图所示,将【总是显示书签栏】给选为【on】。

步骤3,打开iPad的Safari,然后触摸书签,再触摸【书签栏】,如下图所示:

步骤4:好的,关键点到了!将之前在步骤1保存的Zotero,点击编辑,将网址更改为Zotero书签的内容。从这里复制:

http://www.zotero.org/downloadbookmarklet

如下图所示:

复制之后,效果如图:

步骤5:好的,大功告成,在平板上的Zotero.org网站,登陆一下你的账号,记住选择记住密码。然后随便挑选个论文库或者豆瓣读书试试看,我们会发现成功保存到云端的文献库中了。

平板的Zotero

一般习惯用Kindle读电子书,读PDF还是习惯平板设备。主要是批注速度、阅读速度较快。以下以iPad为例。同样,Zotero也支持安卓设备。

先从神器1Notability讲起。

Notability是一个好评如潮的PDF阅读与批注APP。如何与Zotero配合?关键点在第一篇文中的小技巧,将Zotero的条目与存储相互分离。Zotero的数据库仅仅用于保存条目等;而Dropbox用于保存PDF、网页快照等。

这么一来,通过Notability自带的与Dropbox自动同步的功能,就可以非常愉快与轻松地使用手指或者触控笔手写笔记。

步骤如下,

步骤1:购买并安装Notability

它非常物美价廉。安装后打开。

步骤2:在dropbox下面的zotero目录创建note目录

请记住!在老文文献管理软件Zotero基础及进阶示范 第一步建立的Dropbox下面的Zotero新建一个笔记目录!这是用来存放自动同步的笔记的,与存放PDF、电子书、网页快照的storage目录平级!如下图所示:

步骤3:设置Dropbox自动同步

回到Notability的设置里面,继续在import dropbox里面设置。如下图所示,选择设置:

打开之后,选择自动同步选项:

一步一步往下设置,选择Dropbox。

这是个比较关键的步骤,未来很多技巧会用到这个路径。所以,请务必选择刚才步骤2的[note]目录。

接下去,选择同步格式了。又是个关键步骤,一般建议选择rtfd格式。这是富文档格式,这样才能够直接保存录音、图片等。

步骤4:导入Zotero里面保存的PDF文档,并写批注

好的,大功告成。现在点击import,然后导入dropbox=>storage目录下面的pdf即可。如下图所示:

导入时,会询问你是否创建新笔记,选择是即可。打开pdf,开始阅读,并做批注。这里有很多不同于上个世纪的技巧。说三个 我常用的。

如下图所示:

神器1Notability与Zotero的配合,已经非常完美了,不过查找PDF的时候,还是略有不便。对于难以忍受这些不便的极端完美主义者来说,可以自己去编译或者购买开源的iPad APP:Zotpad,它的github网址是:https://github.com/mronkko/ZotPad

好的,现在云端Dropbox会自动同步多媒体格式的笔记成功。我们解压rtfd格式之后,打开文档看看,如下图所示:

哈哈,直接点击播放声音,声音、笔记都在一起了!接下去的扫尾工作,可以将文档以附件形式归到相应Zotero的条目下。

社交的Zotero

有很多需要拉人讨论或者实验室、课题组共享一批文献。则可以在Zotero里面,创建一个私密或者公开的群组。如下图所示:

两大辅助神器:Altmetric与Utopia

Altmetric

刚才这个办法,仅仅是自己实验室内部的文献共享。那么,如何知道全世界关于这篇文献的意见呢?Altmetric就是拿来干这个的!将这个页面的书签拖到Chrome菜单栏上即可。

http://www.altmetric.com/bookmarklet.php

然后,当你在网页上读到任何一篇文献,让我们 以 @Zwai 在《心智简报》中翻译的这篇文章Is working memory training effective? A meta-analytic review为例。它的原文地址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22612437

打开网页,然后点击Chrome书签栏上,我们在前一个步骤创建的书签:Altmetric。奇迹发生了!我们获得了一个分数,以及获得了全世界主要的媒体、博客、推特们对这篇文献的讨论。它是社交媒体中非常热门的一个讨论话题。(当然,在中国并不热门:D)如下图所示:

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然后,我们查看详情,更酷了,获得了非常深入与专业的来源分析。如下图所示:

http://altmetric.com/details.php?citation_id=770688

我们了解到,有92人在推特上讨论过这篇文章,有2位博客作者写过对它的介绍。在研究社交网站上,有79位Mendeley读者下载与阅读过这篇文献,有1位CiteULike读者下载与阅读过这篇文献。

Utopia

但是,很多PDF文档,事先下载好了,我们一篇一篇这么去查它的社交媒体影响力,岂不是累死?专为研究2.0时代而生的Utopia来了!同样是免费、跨平台。下载地址是:

http://getutopia.com/download.php

这是个专注PDF阅读的神器。由老友@鍾智敏wiswood介绍。utopia文档(以下简称utopia)是一款令人惊奇,免费、跨平台好软件,界面简洁优雅。它专注于学术PDF阅读,实现了什么?对PDF的笔记分享与数据加载!类似于kindle加载其他读者写过的批注!还可加载第三方数据,比如维基百科、生物化学数据等。同样,更酷的是,它的online模式,默认会将该篇PDF文档的社交媒体信息读取出来,比如上文altmetric分数。同样,不仅仅是altmetric分数,utopia还会调用大量第三方高质量信息源的API,读出它的授权信息等。

仍然以Is working memory training effective? A meta-analytic review这篇文献为例,我们下载过来,http://www.apa.org/pubs/journals/releases/dev-49-2-270.pdf

通过utopia打开:

当我们默认是online模式的时候,utopia这个PDF阅读器会自动加载它的altmetric分数等信息。

当然,utopia的功能不仅仅局限于此,它支持大量第三方高质量信息源,如它的入门文档描述一样:http://getutopia.com/quickstart.php

感兴趣的读者,可以去阅读utopia团队发表的学术论文:

http://getutopia.com/publications.php

目前,《生物化学杂志》已经使用它,通过与第三方命科学的数据的协作,让每一篇论文都变得动态起来。如何与Zotero配套使用,将utopia变为默认PDF阅读器即可。更进一步的做法则是,调用altmetric,整理文献。

mendeley与Zotero的同步

软件不是非此即彼的互斥关系。mendeley善于识别PDF元数据信息,大量处理PDF时,交给它好了。mendeley提供了Zotero同步功能。如下图所示:

小结

今天的信息日益海量,通过各类社会化过滤器,使得我们能够与同行保持更密切的联系,比如专注科学文献社交媒体影响力评估的altmetric等。同样,时代的变迁也正在诞生大量优秀的神器,如专注于平板笔记的神器1Notability与专注于学术PDF阅读的神器2[utopia]。这些神器,在以Zotero作为主文献库的配合之下,将发挥更强大的战斗力。

有友邻反映dropbox读出来的是凌乱的目录路径,比如一连串字符,导致在平板电脑上阅读不方便。

解决这一问题,请使用插件Zotfile。但是,该插件尚不支持Zotero4.0,请换回Zotero 3.0老版本。3.0下载地址是:http://www.zotero.org/support/3.0

然后再下载Zotfile插件,下载地址是:http://www.jlegewie.com/zotfile.html

下载好了,在Drobox目录下面,创建一个tablet目录,如下图所示:

然后安装好Zotfile插件。安装好了,重启Zotero,设置参数:

设置你日常下载pdf的路径,让它监视你的PDF下载文件夹:

然后关键步骤到了!设置平板电脑参数:

启动支持平板电脑的参数,设置之前创建的dropbox目录:

/Users/ouyang/Dropbox/zotero/tablet

好的。完成了。

回到Zotero主界面。调出之前创建的搜索【近7天需要阅读的PDF】或者任意一个带PDF文档的目录,=》全选=》右键=》批量更改PDF文件,这样,非常漂亮的PDF文件名就出来了!比如:

Karpicke_Roediger_2008_The Critical Importance of Retrieval for Learning.pdf

这是作者名-发表年份-论文名的自动重命名。

同样,全选之后,发送到Tablets,就会将这些PDF文件发送到一个单独的tablets目录下面:

然后在iPad或者安卓平板里面,打开dropbox下面的tablets目录即可。使用[Notability]等之前介绍过的PDF批注软件,正常批注即可。

如下图所示:

批注完了,可以在Zotero软件界面之后,取回所有PDF。如下图所示:

以上步骤的英文解说参见:http://www.columbia.edu/~jpl2136/zotfile.html#tablet

正好Dropbox中文版近日发布,祝大家使用愉快:D

之前写过四篇关于Zotero技巧的帖子。

在找这几篇旧文的朋友,可以去我的个人博客看看,存档在那里:http://t.cn/z8dHbTM 多数技巧还没过时。今天这篇帖子则侧重,如何打造一个半自动化的电子文献资料管理流程。这篇不讲基础安装、云同步等技巧,前面帖子已经讲得够多了。让我们开干吧,超详细,众多技巧汇合,请耐心看。

问题1:如何快速收藏电子书或者论文?

假设在豆瓣看了一本好书,如丹尼特新作【直觉泵】,网址如下:

点击浏览器右上角的Zotero图标,收藏即可:

Zotero 1

好了,打开Zotero,我们看到,该书已经保存在这里了。

Zotero 2

同样,对于论文你也可以如此处理,参照老文章,建议多使用Google Scholar

问题2:如何标记文献的重要性?

步骤如下:

1、在丹尼特这本书的条目这里,创建一个【重要文献】类似标签;

Zotero 3

2、在界面的左下角,找到【重要文献】该标签,然后右键,对该标签指派颜色:

Zotero 4

比如红色,同时会指派快捷键,如【1】如下图所示:

Zotero 5

3、以上操作只需要执行一次。未来就很爽了,看到好文献,直接键盘按【1】就表示喜欢。最多可分配6个数字。比如,1表示非常重要文献,2表示比较重要文献,诸如此类。

问题3:怎么判断文献重要性?

我们怎么判断文献特别重要呢?有三个简单办法:

以前的文章与我最近的微博,都谈过最后一个办法【altmetric分数】,这里就不详细说了。只说第一个与第二个办法:H指数与Google学术引用次数。先说第一个:H指数。

H指数是什么?如果人际关系混得不错,在30以上,一般在国内可以拿下学霸地位。超过50,凤毛麟角,属于普通老百姓要珍惜的大牛级别科学家。比如,施一公是60。

比如,丹尼特这位作者的H指数可以在这里查询:Daniel C. Dennett - Google Scholar Citations

我们发现他高达68,那么就表示这位作者非常重要:

Zotero 6

我们对丹尼特这本书标记为很重要,那么,选中它,按个【1】就可以了,效果如下图所示:

Zotero 7

接下来,我们说说第二个简单办法,【Google学术引用次数】。当然,你可以去Google学术,查看被引次数,然后手动添加。比如,丹尼特这本书被引用9次:

Zotero 8

不过,懒鬼可不是这思路。我们可以借助插件自动更新【Google学术引用次数】。

因为新读者可能是第一次接触Zotero插件安装,这里多解释几句如何安装插件。

1、打开Zotero的【插件】窗口,位置如下所示:

Zotero 9

2、然后下载插件,比如该插件的下载地址是:

https://raw.github.com/beloglazov/zotero-scholar-citations/master/builds/zotero-scholar-citations-1.8.4-fx.xpi

3、下载好了,回到Zotero的插件安装界面,如下图所示:

Zotero 10

安装好了,如有必要,重启Zotero即可。

好的,继续回到丹尼特这本书。我们点击右键,更新一下引用即可。

Zotero 11

问题马上来了,更新完了,我们看条目的【引用次数】那里还是空的啊!老阳,这是怎么回事!

Zotero 12

别急,这是该插件开发者为了避免将你条目自带的【引用次数】字段与【Google学术引用次数】冲突,所以,他将其保存在【其它】那个字段里面去了。怎么显示它?如下图所示:

Zotero 13

勾上它就可以了。我们再重新看一下界面,哇,【Google学术引用次数】真的有了!如下图所示:

Zotero 14

丹尼特大神这本书因为才出版没多久,所以才被引9次。而另一位大神2004年出版的Culture, leadership, and organizations,因为属于某个流派开山之作,被引用了3281次。

因为zotero-scholar-citations这个插件是可以批量更新【Google学术引用次数】的。如此一来,我们标记论文、图书重要性,就更容易了。不过需要特别注意的是,Google学术本身为了防止机器人,做了限制,你一次别更新太多文献了,那样,将弹出一个窗口,Google需要你填入验证码,确定你不是机器人,才能继续更新。

问题4:怎样查找英文原版电子书?

说一下怎么查找英文原版书。

1、电子书检索:http://t.cn/zY3Vmkp

这几个网站可检索到70%网上曾出现过的;

2、私有数据库:如果是心理学,推荐APA的psycinfo数据库与MIT的cognet数据库,新书多半可查到;

3、国家图书馆的英文新书非常齐全,多半可复印到,同时可辅以各高校藏书;

4、亚马逊,尤其是kindle直接购买电子书。

问题5:如何保存电子书?

好的,丹尼特这本书,我们假设已经查到了电子书。但是,从网上下载的电子书,命名乱七八糟,不一定符合你的规律,同时,能否自动将下载的电子书导入到Zotero库中?

有,这就是我之前在:Zotero(4):Zotero之Zotfile插件的使用 中介绍过的Zotfile插件。

安装办法仍然同上一个插件一样,我们在它的官网找到插件下载:

http://www.jlegewie.com/zotfile.html

假设,我们平时从网上下载电子资料,都放在【download】目录下面,那么,在插件中心那里,设置Zotfile的常用目录是【download】目录。如下图所示:

Zotero 15

继续:

Zotero 16

完工!未来我们下载电子书时,就会自动导入。它的原理是这样的:

1、假设在Zotero中,我们的鼠标正选中了丹尼特这本书的条目。

2、此时,我们通过浏览器,下载了这本书的电子版,保存在【download】目录下面。那么,插件Zotfile就会识别出来,并且默认认为这个电子文件是该条目的附件。然后自动导入过来。它默认支持pdf、doc、txt等格式,你也可以设置更多格式,如常用的epub、mobi格式,如下图所示:

Zotero 17

3、同时,导入文件成功后,会自动将文件重命名为【作者_出版年份_文献标题】这种格式。当然,你不喜欢这种文件名格式,也可以在刚才那里自定义其它命名方法。

成功后,如下图所示:

Zotero 18

以前那些乱七八糟的PDF怎么处理呢?我们可以将每本电子书拖到对应条目下面。然后批量重命名即可。如下图所示:

Zotero 19

问题6:如何写笔记?

好了,收藏狂们一般非常乐意干前面5个步骤,却不太喜欢干这个步骤:读书与写笔记。

Zotero现已支持用Markdown格式写笔记,强!步骤如下,

1)在插件中心,安装Markdown here插件,http://t.cn/8kxA5bG

2)重启后,找到条目,然后新建一笔记,如下图所示:

Zotero 20

我们开始用Markdown语法写笔记。这是笔记原文。

Zotero 21

按下快捷键:【ctrl+alt+m】,你用Markdown写的笔记就生成为漂亮的文档了!下图是生成效果:

Zotero 22

什么?你还在问:Markdown语法是什么?枉我推广这么久。。。

去读这里:Markdown在线写作速成

问题7:Zotero如何配合altmetric分数?

什么是altmetric分数?它可以查出在论文互引网站、推特、科学博客、专业科学媒体上对论文的议论等。 当然,仅限国外科学媒体。

Zotero如何配合使用?我之前的两篇老文章介绍比较详细了,

这里重点讲讲平板上,如iPad上如何配合使用。

科技发展真快,zotero配合altmetric分数,可以按照论文社交媒体影响力,来排序了。这样同行在看的重要论文一目了然了。如下图所示:

Zotero 23

将文献按照altmetric分数排序即可。然后社交媒体影响越大的,就越排在前面。扫了一下今年我看的论文,同行热议的,集中在:

问题8:看资料看晕了,怎么办?

有一种学问,叫做【科学计量学】,研究【科学的科学】,之前也写过很多文章介绍了。比如这篇:

其实,Zotero也可以完成类似任务。这就是我之前介绍过的papermachine插件。下载地址在这里:

How to Use Paper Machines | Paper Machines

对一个类别论文进行【文献可视化】分析,结果如下。先看词云(Word Cloud)的分析结果,如下图所示:

Zotero 24

再看看Topic Modeling的分析结果。如下图所示:

Zotero 25

前者可以看出该子类论文关键词;后者可看出从1990到2010年,该研究领域随时间的动荡。当然,我选择的示范数据不好,并不能体现出其厉害之处。

一个不算遗憾的小提醒是,papermachine插件目前只支持英文等语种论文分析,另一个问题是,它对版本兼容性要求较高。

问题9:mendeley与 Zotero,哪个更好?

这又是一个读者老问我的问题,谁叫这个世界上,有一种叫做【选择障碍】的病。这么说吧,开源世界的发展速度快于你的想象。 mendeley 被商业公司收购后,很多拥抱开放科学理念的科学家,开始抵制mendeley了,转投Zotero怀抱。如这位:

昨晚帮大家,再次测试mendeley,看一下它最新进展如何,结果还是不得不放弃,安心用我的zotero。它的缺点有什么呢?

贵阳小杨哥(http://blog.yesmryang.net/tags/Zotero/),也是忠实的开源软件Zotero推广者,在我的微博评论下,补充道:

Zotero早就可以把「附件」和「题录」分开放置了!附件放Dropbox/skydrive/百度盘什么的,20G不是问题!

小结

开源程序的发展速度往往超出人们想象。目前Zotero引领的开源引文格式项目——CSL,已经突破六千多期刊。以致商业科技出版公司的人不敢相信。每过一些日子,你又会发现一些好用的小技巧。隔一段时间,对天天用的软件,更新使用模式,是个好习惯。同时,开源程序总具备一种质朴的美。Zotero将电子书或PDF、笔记、引用文献三者放在一起,从下载电子书或PDF,到阅读、做标注、写笔记,再到引用,一条龙服务,非常方便。有特别不满意的地方,源代码公开了,自己修改就好了。

我们还可以自定义这些zotero搜索类别:【2013年看过的书】、【2013年看过的论文】与【2013年写过的读书笔记】、【2013年阅读的最重要的论文】或者【2013年同行评价最高的论文】。年底这么整理一下,温故而知新,也很有成就感:D

相关旧文

本文假设你已经详细阅读过前面五篇,对Zotero有一定基础了。

Q1. 如何批量抓取PDF文档,快速了解研究者重点

在前面的文章中,你应该学会一个重要技巧了,就是通过【google学术】,根据作者名字或者论文名字,搜索出论文全文,然后批量保存到Zotero中。

但是,现实生活中,还常常存在另一类需求。就是作者很慷慨地提供了自己所有论文的PDF文档,列在个人网站上,以备同行引用。

因为作者自己提供的文档往往清晰度更高、比【Google学术】中根据作者名字搜出来的更齐全一些。怎么批量下载,然后导入到Zotero中?让我们来举个例子。

APA今年的奖评刚出来了。每年这些奖项里面,【早期职业生涯贡献奖】 与 【杰出贡献奖】 参考价值不错,一个代表心理学未来,获奖者:http://t.cn/8kxCp3n 一个代表心理学过去,获奖者:http://t.cn/8kxCp3E

其中,Linda B. Smith很猛,近两年双丰收。才拿2013年侧重认知科学基础卓越贡献奖的David E. Rumelhart奖(现在火爆的深度学习大牛Hinton是第一个拿这个奖的),今年又拿 【杰出贡献奖】 。她的个人主页:http://t.cn/8kxphwG

我们就以她的论文为例。

步骤如下:

1、安装一个chrome的批量下载插件:

Chrome Web Store - DownloadAll

2、访问Linda B. Smith提供出版物的网页,她恰巧在自己的个人网站上,提供了PDF全文列表,网址如下:

Cognitive Development Lab - Indiana University. Bloomington

点击该插件,如下图所示:

Zotero 1

选择后缀为pdf,开始下载。如下图所示:

Zotero 2

牛人发的论文就是多,一百多篇,咱们可以去喝杯咖啡,让它慢慢下载,如下图所示:

Zotero 3

3、打开Zotero,新建一个目录,用于导入这些pdf,比如,我们建个目录,叫做:Linda B. Smith。

Zotero 4

4、然后将下载的pdf文件,全部拖入到Linda B. Smith这个目录即可。如果你实在不知道怎么拖,就这么来,找到:【链接文件副本。。。】,然后按住shift键,选中所有下载的pdf文件。如下图所示:

Zotero 5

如果PDF文件太多,电脑内存较少,请注意别死机,可以考虑分批链接。

5、接下来,我们根据下载的PDF,批量生成文献信息,如下图所示,选中所有PDF文件,右键:

Zotero 6

有些没找到文献信息的PDF,要么是年代过早,要么是版本保护问题,咱们先不管它。也请特别注意,一次别更新太多文献信息,【Google学术】目前有同一时间请求数量限制,50篇以内最好,超过后请稍候片刻。

Zotero 7

6、最后,看一下所有论文的【google学术引用次数】,按照【其它】字段排序。这样,我们就可以知道Linda B. Smith的核心论文是哪几篇了。

Zotero 8

Q2. 如何建立自己的个性化知识库

今天,受我鼓吹,开始用Zotero的几位朋友,都在问我同一个问题:为什么不能保存国内某某网站、某某网站呢?

答:这是设计哲学的不同,它只默认抓取高质量信息,如google学术、science、经济学人、华尔街日报这些。 国内那些信息质量差的网站,不看也罢。

这是Zotero已支持的信息来源:http://t.cn/zTqrKc3

你可以自定义更多信息来源,或拍个网页快照来保存。如下图所示:

Zotero 9

自定义信息类型与网页快照的区别是,网页快照不区分网页来源,也不进行个性化处理。无论来自什么网站,都统一是拍个快照。自定义信息类型,则可以进行更多精细加工处理。比如,将Zotero知识库列出什么菜谱、TED视频、问答。未来,你可以基于这个自定义信息类型,去进行更多的操作。你可以将它理解为一种对网上半结构化信息进行处理的手段。

在Zotero中,这个自定义信息类型,一般叫做:translators。有以下四种:

第一种是最常用的。我们可以借助于Web translators,定义自己的TED视频库、菜谱库。。。只要你想得到,都可以处理。第一次定义成功后,未来,你再次访问时,直接网页收藏即可。

那么,如何自定义信息库呢?自定义Zotero抓取信息类型非常容易,无需太多编程知识,只需对github与js有点基础就可以了。 Zotero也提供了一个插件,参见该插件:http://t.cn/8k6CVsb 与该文档:[dev:translators [Zotero Documentation](http://www.zotero.org/support/dev/translators)

小结

本文介绍了两个Zotero实用技巧。一个是当研究者提供了所有出版物时,如何批量下载,以及根据批量下载后的PDF生成文献引用信息,继而根据【google学术引用次数】找出她最重要的论文;一个是,如何保存任意网页,并根据自己个性化需求,开发自定义的translators,从而打造一个个性化的知识库。#文献管理软件Zotero基础及进阶示范

我的文献管理软件使用历史极其悠久,先后是:

1

在Mac下,先后试用与比较过[Papers2]与[mendeley]。但是因为种种原因,最终还是回到Zotero下。有感于国内对这么一款极其优秀的开源软件非常不了解,特别介绍它的入门与进阶知识。

注册Zotero新账号并下载

登陆https://www.zotero.org/user/register/,注册一个自己的Zotero账号,请特别记住,username会直接生成个性域名,别乱起,未来会有些不方便。

2

下载Zotero单机版,也就是Zotero Standalone。Mac、Windows等通用。

http://www.zotero.org/download/

也可以下载firefox插件版,但是我更推荐单机版。两者的区别如下:

3

下载之后安装默认提示一路安装。

配置Zotero

打开Zotero,找到[首选项]或偏好:

4

在同步一栏输入前面注册的账号,这样,文献库可以同步到[Zotero]官网。

5

创建一个用来保存文献库的根目录,假设是:/users/ouyang/dev/zotero 继续配置:

6

[Zotero]官网默认的存储空间有限,所以,我们需要一个小技巧,将文献库里面保存PDF文档的目录,分离开,放到[dropbox]目录下同步。回到刚才创建的:/users/ouyang/dev/zotero 目录,其中的storage目录是拿来保存PDF等文档的,将其剪切到[dropbox]目录下,如下图所示:

7

打开终端或shell,创建一个软连接,让[Zotero]认出该目录:

  ln -s /users/ouyang/dropbox/zotero/storage /users/ouyang/dev/zotero/storage

回头看,/users/ouyang/dev/zotero 目录下多了一个软链接,表示成功了。

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接下去,在配置这里安装pdf索引:

9

以及,将默认输出格式,更改为APA第六版:

10

导入第一篇文献

好了,准备工作做完了。现在,让我们导入第一篇文献。Zotero支持以下六种导入方法:

先让我们找找成就感,从最容易的开始。通过Web Translators,互联网自动识别。

打开豆瓣网站,随便找一本书,让我们以前一篇文章[心智十二宫]中的[我生活的种种模式]为例,它的豆瓣网页是:

http://book.douban.com/subject/1065156/

请特别注意,你的Chrome浏览器上会多出一个图书的标识!点击它,保存即可。

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打开[Zotero]软件,我们会发现,之前鼠标定位的子类下面,会多出一个条目,如下图所示:

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更有趣的是,[我生活的种种模式]这本书的豆瓣网址直接保存下来了,下次直接点击即可。这就是[Zotero]极其强大的Web Translators 功能,它可以根据世界上主要的信息资讯网站,生成相应的图标,比如,豆瓣的图书就是图书的小符号,维基百科则是维基类的小图标。更强大的是,一切你想保存资讯的网站,你可以定制Web Translators,然后保存在之前我们创建的根目录:

/users/ouyang/dev/zotero 下面的translators目录里面。如下图所示:

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小提醒:如果没有多出这个图标,Web Translators 功能没有生效,是插件安装失误,请通过Chrome网上应用店,安装:Zotero Connector

导入维基百科

通过集体智慧的协作,目前[Zotero]软件的Web Translators已经几乎支持世界上主要高质量资讯网站,如维基百科、Google学术。现在,让我们继续找点成就感,自动导入维基百科试试看。

学习一门新学科,常常需要知道学科中的牛人,维基百科的列表功能就是非常强大的资讯源。我们打开它的认知科学家列表,基本代表了功成名就的认知科学家们:

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_cognitive_scientists

我们会发现,这次图标与保存豆瓣的图书图标不一样了!哈哈,变成一个百科全书的图标了,如下图所示:

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我们仍然点击保存,好的,文献库就有了!

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嗯?这次保存下来的为什么与上次的不太一样!多了个快照?点击看看!原来这是[Zotero]软件的另一个强大而贴心的功能,它自动将网页的快照拍摄下来了。这样,未来这个网页消失了,我们的资讯还没丢失!

导入Google学术

一次一次导入一篇,并不是学术研究时的常见现象。更常见的是,批量导入多篇。让我们以Google学术库为例。打开Google学术库,我们输入检索关键词,[netlogo],一个网络仿真常用软件。

http://scholar.google.com/scholar?q=netlogo&btnG=&hl=zh-CN&as_sdt=0%2C5

我们发现,这次浏览器的图标变成一个文件夹!这就意味着,有多篇文献识别出来,需要保存。

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点击文件夹图标,然后弹出对话窗口,我们挑选一篇引用率排第一、带PDF文档的保存下来:

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打开[Zotero]软件,我们怒了!作为一个开源软件,它为什么能这么贴心!Google学术里面带PDF文档,刚才弹出窗口提示有PDF字眼的,它连关联PDF也关联起来了!如下图所示:

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通过标示符增加

总有一些文献,google学术检索不出来(虽然,这个概率越来越低)。这个时候,需要我们手动添加。

让我们以前一篇文章[我们为什么害怕学习]为例,通过豆瓣,找到[Why Don’t Students like School]这本书的ISBN是:9780470591963。如下图所示:

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我们启动[Zotero]软件,点击通过标示符增加的按钮:

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输入ISBN:9780470591963。即可添加成功,如下图所示:

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这次我们继续怒了!开源软件的贴心程度已经超出我们想象,这次保存下来的图书信息,多了什么呢!原来,多了两条笔记,来自出版商的介绍!

好的,接下去,我将我写的笔记保存进来。选中图书名字,点击右键:添加笔记。一般用户可以直接在这里写笔记。

如果是Markdown与Mou用户,则不要在这里直接写笔记,代码会额外混乱,点击html选项:

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将Mou生成的html内容复制过去:

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效果如下图所示,非常漂亮的笔记出来了!

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小提醒:不过这么整理还是略微有些麻烦,笔者正在想办法,将[Zotero]与[Mou]、[Evernote]的配合更智能化。

导入Endnote数据库

好的,我们有大量的文献是使用其它文献管理软件管理的,怎么导入?以最流行、最常用的[Endnote]为例。选择File=>Export,如下图所示,记得一定要将导出风格选为:Endnote Export:

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然后,导出的文本文件,直接导入到[Zotero]中即可,更复杂的导入方法,可以参考各类教程。

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导入PDF文档

有不少之前下载好的PDF文献,尤其是一些本来是从学术数据库下载的文献,它们支持PDF元数据功能,这样就非常省事,可以直接拖到[Zotero]中来,然后会自动将其文献信息识别出来。

如下图所示,我们将一个PDF文档拖到自己的项目文件夹中来,然后选择右键:[抓取PDF的元数据],

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就自动根据PDF元数据生成相关文献信息了:

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Zotero进阶示例:文献可视化

在上面这个导入例子中,我们用的是同事的一篇学位论文的参考文献库,研究的主题是青少年与社会网络分析。我们尝试对这些文献进行可视化分析。

首先,需要安装插件papermachines,下载xpi文件,http://chrisjr.github.com/papermachines/,文件地址是:http://www.papermachines.org/download/papermachines-0.4.4.xpi

我们通过[Zotero]的插件安装,如下图所示:

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然后点击:Install Add-on from File…

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找到之前下载的xpi文件,安装好,重启[Zotero]。

然后选中我们要进行文献分析的库,如下图所示:

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第一次运行,需要继续重启[Zotero],重启之后,就好了,点击各类,查看文献可视化的结果:

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这是以标签云形式对一百多篇文献进行分析的结果,接下去,我们可以换个视图:

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我们可以清晰地发现,我同事的学位论文中,引用的文献聚焦在:青少年吸烟、社会网络、同辈群体、关系等主题上。

Zotero更多资源

Zotero还有更多进阶玩法,在这里不展开讲了。各位感兴趣的敬请查阅资料:

入门教程

核心插件

版式风格在线可视编辑

整合工具

移动支持

http://www.zotero.org/blog/zotero-apps-go-mobile/

小结

与其说[Zotero]是一个文献管理软件,不如说是一个知识管理平台。选择开源软件,就是选择一个生态链,这是与商业软件,如[Papers2]、[mendeley]或[Endnote]非常不一样的地方。

在前文文献管理软件Zotero基础及进阶示范中,主要介绍了作为文献管理工具、学术工具的Zotero。今天说说作为一个超级强大的知识管理工具的Zotero,比如书签管理、网页收藏、分类知识体系、快速学习等。

Tag体系的问题

这么多年,我认识的朋友,除非是超级勤奋的,一般正常人,很少有坚持使用tag系统成功的。它 存在什么问题?

简而言之,Tag系统的本质并不适合分类,而是【印象】系统,这才是Tag系统的本意。但是,太多的人将其当做分类工具在使用,最后导致得不偿失,付出的精力往往得不到相应的产出。人类的最佳知识表征结构是什么?

我提过多次的MIT认知科学家Josh(今年将来中国做邀请演讲)发表在pnas的论文中,比较了抽象知识的不同表征结构,如星形结构、聚类结构、环形结构等等,最终还是意识到,人类的最佳知识结构是树形结构。只有树形结构,才是最符合人类认知特点的一种结构,从树的上一层到下一层,是具备唯一通道,便于大脑将知识从记忆底层快速提取出来,符合人类大脑是个认知吝啬鬼的特点;树又是兼具横向扩展与纵向扩展能力的最优雅的结构。所以,儿童学习词汇时,最初是将物体进行扁平互斥的划分并对应到不同名称,当他们意识到,以树形结构来学习时,他们的认知开始大幅度发展。这种神秘的树形结构不仅仅影响到儿童早期的认知发展,在科学界,也处处可以看到神秘之树的身影,如门捷列夫的元素周期表开创近代化学;卡尔·冯·林奈使用树形结构创立了对自然世界的基本分类法。

Tag系统与树形结构相反,它实质上是非常违背人们学习与记忆提取的规律的。尤其当Tag更多是Tag,而不是树形结构的时候。它是个云形结构,会随着时间变迁而动荡。记忆恰巧需要的不是这类时间动荡。所以,太多人对Tag系统进行了种种改良,这种改良本质上,都是在放弃Tag自身,使用了主从类的,更贴近树形结构的改良。

Zotero的分类

作为对Tag系统的改良。在Zotero中,我们不推荐将Tag作为分类使用,而更多当做【印象】使用!请记住,Tag始终会随着时间而动荡甚至走向崩溃!所以,更重要的是,你当时当下对该文档的【印象】,而不是【分类】!

那么,如何更好分类?

如下图所示:

1

作为知识管理工具的Zotero示例

Zotero提供了一个非常强大的自定义搜索功能。类似于自动归类的文件夹。以下试举几例。

本周带全文需要阅读的学术论文PDF

点击:我的文献库,右键,新建搜索。如下图所示:

2

创建条件,如下图所示:

3

github优秀开源库收藏

4

豆瓣好书精选

5

诸如此类不等。总之,可以尽情发挥想象力,定制出各类自动化的搜索分类。进一步,有熟悉js脚本的朋友,完全可以打开根目录,自定义自己的条目类型,如github、如微博。

事实上,大量的条目类型,已经由全世界网友提供了并且编写好了各类脚本,如推特、如维基百科、如readability、如Google图书、如Google博客。参见:

https://github.com/zotero/translators

如果自己撰写,可参考文档:

http://niche-canada.org/member-projects/zotero-guide/chapter1.html http://www.huangwei.me/blog/2011/01/06/write_zotero_translator/

作为快速学习的Zotero

维基百科是最佳的入门知识首选,Zotero可以创建知识的收藏时间线,如下图所示:

6

全文搜索的改进

Zotero由于是西方开源者开发,对中文、全文检索能力有时候不如Evernote等,如何改进?

由于Zotero是条目存储与附件相互分分离的。这么一来,只要使用你的桌面搜索工具,将Zotero的存储目录,即storage目录,加入到相应偏好里面。那么,你可以轻而易举拥有更强大、更快捷地,对你所有存储的网页快照、文献的全文检索。

在Windows下,可以使用Google桌面搜索;在Mac下,则自带的spotlight已经支持。如下图所示:

7

打开research.html页面一看,这就是保存在我们本地的网页快照:

file://localhost/Users/ouyang/Dropbox/zotero/storage/3PHJNDJE/research.html

然后打开Zotero,输入存储中的唯一标示符:3PHJNDJE。如下图所示,这样就非常快地借助超级强大的第三方全文检索工具,定位到Zotero中的内容了:

8

进一步,因为Zotero完全开源,包括同步去向,也可以搭建自己的同步服务器,在同步服务器上使用elasticsearch等搭建自己的超强全文检索库。

继续小白文风格,多图,高手慎入。很多亲朋好友们,都是卡在上手工具的那么几个关键小步骤。导致完全回避好的方法与工具,使用上个世纪的研究理念干苦力活。

人有时会念旧,十多年前,互联网可不是今天这样子。那时,我们谈论R语言、数据挖掘与文献管理,我们在谈论什么?昨晚,偶尔翻出当年担任版主的统计论坛:百岛潮统计论坛,时光如水,百岛潮当年单纯的气质已默默成为每人青春回忆中美好的一部分。

如今这个时代,知识看似垂手可得,研究日益变为职业与市场交易,研究的技术也跟随演化。继续前两天话题,将研究辅助工具再次说透彻点。这次侧重社交与移动。

移动的Zotero

以iPad的Safari为例,安卓的Chrome步骤大同小异。说说如何给Safari增加保存到Zotero文献库的选项。

步骤1:随便选一个页面,将它加入到Safari书签。如下图所示:

1

步骤2,打开iPad的设置,找到Safari,如下图所示,将【总是显示书签栏】给选为【on】。

2

步骤3,打开iPad的Safari,然后触摸书签,再触摸【书签栏】,如下图所示:

3

步骤4:好的,关键点到了!将之前在步骤1保存的Zotero,点击编辑,将网址更改为Zotero书签的内容。从这里复制:

http://www.zotero.org/downloadbookmarklet

如下图所示:

4

复制之后,效果如图:

5

步骤5:好的,大功告成,在平板上的Zotero.org网站,登陆一下你的账号,记住选择记住密码。然后随便挑选个论文库或者豆瓣读书试试看,我们会发现成功保存到云端的文献库中了。

平板的Zotero

一般习惯用Kindle读电子书,读PDF还是习惯平板设备。主要是批注速度、阅读速度较快。以下以iPad为例。同样,Zotero也支持安卓设备。

先从神器1Notability讲起。

Notability是一个好评如潮的PDF阅读与批注APP。如何与Zotero配合?关键点在第一篇文中的小技巧,将Zotero的条目与存储相互分离。Zotero的数据库仅仅用于保存条目等;而Dropbox用于保存PDF、网页快照等。

这么一来,通过Notability自带的与Dropbox自动同步的功能,就可以非常愉快与轻松地使用手指或者触控笔手写笔记。

步骤如下,

步骤1:购买并安装Notability

它非常物美价廉。安装后打开。

步骤2:在dropbox下面的zotero目录创建note目录

请记住!在老文文献管理软件Zotero基础及进阶示范 第一步建立的Dropbox下面的Zotero新建一个笔记目录!这是用来存放自动同步的笔记的,与存放PDF、电子书、网页快照的storage目录平级!如下图所示:

6

步骤3:设置Dropbox自动同步

回到Notability的设置里面,继续在import dropbox里面设置。如下图所示,选择设置:

7

打开之后,选择自动同步选项:

8

一步一步往下设置,选择Dropbox。

9

这是个比较关键的步骤,未来很多技巧会用到这个路径。所以,请务必选择刚才步骤2的[note]目录。

11

接下去,选择同步格式了。又是个关键步骤,一般建议选择rtfd格式。这是富文档格式,这样才能够直接保存录音、图片等。

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步骤4:导入Zotero里面保存的PDF文档,并写批注

好的,大功告成。现在点击import,然后导入dropbox=>storage目录下面的pdf即可。如下图所示:

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导入时,会询问你是否创建新笔记,选择是即可。打开pdf,开始阅读,并做批注。这里有很多不同于上个世纪的技巧。说三个 我常用的。

如下图所示:

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神器1Notability与Zotero的配合,已经非常完美了,不过查找PDF的时候,还是略有不便。对于难以忍受这些不便的极端完美主义者来说,可以自己去编译或者购买开源的iPad APP:Zotpad,它的github网址是:https://github.com/mronkko/ZotPad

好的,现在云端Dropbox会自动同步多媒体格式的笔记成功。我们解压rtfd格式之后,打开文档看看,如下图所示:

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哈哈,直接点击播放声音,声音、笔记都在一起了!接下去的扫尾工作,可以将文档以附件形式归到相应Zotero的条目下。

社交的Zotero

有很多需要拉人讨论或者实验室、课题组共享一批文献。则可以在Zotero里面,创建一个私密或者公开的群组。如下图所示:

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两大辅助神器:Altmetric与Utopia

Altmetric

刚才这个办法,仅仅是自己实验室内部的文献共享。那么,如何知道全世界关于这篇文献的意见呢?Altmetric就是拿来干这个的!将这个页面的书签拖到Chrome菜单栏上即可。

http://www.altmetric.com/bookmarklet.php

然后,当你在网页上读到任何一篇文献,让我们 以 @Zwai 在《心智简报》中翻译的这篇文章Is working memory training effective? A meta-analytic review为例。它的原文地址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22612437

打开网页,然后点击Chrome书签栏上,我们在前一个步骤创建的书签:Altmetric。奇迹发生了!我们获得了一个分数,以及获得了全世界主要的媒体、博客、推特们对这篇文献的讨论。它是社交媒体中非常热门的一个讨论话题。(当然,在中国并不热门:D)如下图所示:

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然后,我们查看详情,更酷了,获得了非常深入与专业的来源分析。如下图所示:

http://altmetric.com/details.php?citation_id=770688

我们了解到,有92人在推特上讨论过这篇文章,有2位博客作者写过对它的介绍。在研究社交网站上,有79位Mendeley读者下载与阅读过这篇文献,有1位CiteULike读者下载与阅读过这篇文献。

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Utopia

但是,很多PDF文档,事先下载好了,我们一篇一篇这么去查它的社交媒体影响力,岂不是累死?专为研究2.0时代而生的Utopia来了!同样是免费、跨平台。下载地址是:

http://getutopia.com/download.php

这是个专注PDF阅读的神器。由老友@鍾智敏wiswood介绍。utopia文档(以下简称utopia)是一款令人惊奇,免费、跨平台好软件,界面简洁优雅。它专注于学术PDF阅读,实现了什么?对PDF的笔记分享与数据加载!类似于kindle加载其他读者写过的批注!还可加载第三方数据,比如维基百科、生物化学数据等。同样,更酷的是,它的online模式,默认会将该篇PDF文档的社交媒体信息读取出来,比如上文altmetric分数。同样,不仅仅是altmetric分数,utopia还会调用大量第三方高质量信息源的API,读出它的授权信息等。

仍然以Is working memory training effective? A meta-analytic review这篇文献为例,我们下载过来,http://www.apa.org/pubs/journals/releases/dev-49-2-270.pdf

通过utopia打开:

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当我们默认是online模式的时候,utopia这个PDF阅读器会自动加载它的altmetric分数等信息。

当然,utopia的功能不仅仅局限于此,它支持大量第三方高质量信息源,如它的入门文档描述一样:http://getutopia.com/quickstart.php

感兴趣的读者,可以去阅读utopia团队发表的学术论文:

http://getutopia.com/publications.php

目前,《生物化学杂志》已经使用它,通过与第三方命科学的数据的协作,让每一篇论文都变得动态起来。如何与Zotero配套使用,将utopia变为默认PDF阅读器即可。更进一步的做法则是,调用altmetric,整理文献。

mendeley与Zotero的同步

软件不是非此即彼的互斥关系。mendeley善于识别PDF元数据信息,大量处理PDF时,交给它好了。mendeley提供了Zotero同步功能。如下图所示:

20

小结

今天的信息日益海量,通过各类社会化过滤器,使得我们能够与同行保持更密切的联系,比如专注科学文献社交媒体影响力评估的altmetric等。同样,时代的变迁也正在诞生大量优秀的神器,如专注于平板笔记的神器1Notability与专注于学术PDF阅读的神器2[utopia]。这些神器,在以Zotero作为主文献库的配合之下,将发挥更强大的战斗力。

有友邻反映dropbox读出来的是凌乱的目录路径,比如一连串字符,导致在平板电脑上阅读不方便。

解决这一问题,请使用插件Zotfile。但是,该插件尚不支持Zotero4.0,请换回Zotero 3.0老版本。3.0下载地址是:http://www.zotero.org/support/3.0

然后再下载Zotfile插件,下载地址是:http://www.jlegewie.com/zotfile.html

下载好了,在Drobox目录下面,创建一个tablet目录,如下图所示:

P8390803

然后安装好Zotfile插件。安装好了,重启Zotero,设置参数:

P8390804

设置你日常下载pdf的路径,让它监视你的PDF下载文件夹:

P8390806

然后关键步骤到了!设置平板电脑参数:

P8390808

启动支持平板电脑的参数,设置之前创建的dropbox目录:

/Users/ouyang/Dropbox/zotero/tablet

好的。完成了。

回到Zotero主界面。调出之前创建的搜索【近7天需要阅读的PDF】或者任意一个带PDF文档的目录,=》全选=》右键=》批量更改PDF文件,这样,非常漂亮的PDF文件名就出来了!比如:

Karpicke_Roediger_2008_The Critical Importance of Retrieval for Learning.pdf

这是作者名-发表年份-论文名的自动重命名。

P8390809

同样,全选之后,发送到Tablets,就会将这些PDF文件发送到一个单独的tablets目录下面:

P8390809

然后在iPad或者安卓平板里面,打开dropbox下面的tablets目录即可。使用[Notability]等之前介绍过的PDF批注软件,正常批注即可。

如下图所示:

P8390815

批注完了,可以在Zotero软件界面之后,取回所有PDF。如下图所示:

P8390816

以上步骤的英文解说参见:http://www.columbia.edu/~jpl2136/zotfile.html#tablet

正好Dropbox中文版近日发布,祝大家使用愉快:D

之前写过四篇关于Zotero技巧的帖子。

在找这几篇旧文的朋友,可以去我的个人博客看看,存档在那里:http://t.cn/z8dHbTM 多数技巧还没过时。今天这篇帖子则侧重,如何打造一个半自动化的电子文献资料管理流程。这篇不讲基础安装、云同步等技巧,前面帖子已经讲得够多了。让我们开干吧,超详细,众多技巧汇合,请耐心看。

问题1:如何快速收藏电子书或者论文?

假设在豆瓣看了一本好书,如丹尼特新作【直觉泵】,网址如下:

点击浏览器右上角的Zotero图标,收藏即可:

Zotero 1

好了,打开Zotero,我们看到,该书已经保存在这里了。

Zotero 2

同样,对于论文你也可以如此处理,参照老文章,建议多使用Google Scholar

问题2:如何标记文献的重要性?

步骤如下:

1、在丹尼特这本书的条目这里,创建一个【重要文献】类似标签;

Zotero 3

2、在界面的左下角,找到【重要文献】该标签,然后右键,对该标签指派颜色:

Zotero 4

比如红色,同时会指派快捷键,如【1】如下图所示:

Zotero 5

3、以上操作只需要执行一次。未来就很爽了,看到好文献,直接键盘按【1】就表示喜欢。最多可分配6个数字。比如,1表示非常重要文献,2表示比较重要文献,诸如此类。

问题3:怎么判断文献重要性?

我们怎么判断文献特别重要呢?有三个简单办法:

以前的文章与我最近的微博,都谈过最后一个办法【altmetric分数】,这里就不详细说了。只说第一个与第二个办法:H指数与Google学术引用次数。先说第一个:H指数。

H指数是什么?如果人际关系混得不错,在30以上,一般在国内可以拿下学霸地位。超过50,凤毛麟角,属于普通老百姓要珍惜的大牛级别科学家。比如,施一公是60。

比如,丹尼特这位作者的H指数可以在这里查询:Daniel C. Dennett - Google Scholar Citations

我们发现他高达68,那么就表示这位作者非常重要:

Zotero 6

我们对丹尼特这本书标记为很重要,那么,选中它,按个【1】就可以了,效果如下图所示:

Zotero 7

接下来,我们说说第二个简单办法,【Google学术引用次数】。当然,你可以去Google学术,查看被引次数,然后手动添加。比如,丹尼特这本书被引用9次:

Zotero 8

不过,懒鬼可不是这思路。我们可以借助插件自动更新【Google学术引用次数】。

因为新读者可能是第一次接触Zotero插件安装,这里多解释几句如何安装插件。

1、打开Zotero的【插件】窗口,位置如下所示:

Zotero 9

2、然后下载插件,比如该插件的下载地址是:

https://raw.github.com/beloglazov/zotero-scholar-citations/master/builds/zotero-scholar-citations-1.8.4-fx.xpi

3、下载好了,回到Zotero的插件安装界面,如下图所示:

Zotero 10

安装好了,如有必要,重启Zotero即可。

好的,继续回到丹尼特这本书。我们点击右键,更新一下引用即可。

Zotero 11

问题马上来了,更新完了,我们看条目的【引用次数】那里还是空的啊!老阳,这是怎么回事!

Zotero 12

别急,这是该插件开发者为了避免将你条目自带的【引用次数】字段与【Google学术引用次数】冲突,所以,他将其保存在【其它】那个字段里面去了。怎么显示它?如下图所示:

Zotero 13

勾上它就可以了。我们再重新看一下界面,哇,【Google学术引用次数】真的有了!如下图所示:

Zotero 14

丹尼特大神这本书因为才出版没多久,所以才被引9次。而另一位大神2004年出版的Culture, leadership, and organizations,因为属于某个流派开山之作,被引用了3281次。

因为zotero-scholar-citations这个插件是可以批量更新【Google学术引用次数】的。如此一来,我们标记论文、图书重要性,就更容易了。不过需要特别注意的是,Google学术本身为了防止机器人,做了限制,你一次别更新太多文献了,那样,将弹出一个窗口,Google需要你填入验证码,确定你不是机器人,才能继续更新。

问题4:怎样查找英文原版电子书?

说一下怎么查找英文原版书。

1、电子书检索:http://t.cn/zY3Vmkp

这几个网站可检索到70%网上曾出现过的;

2、私有数据库:如果是心理学,推荐APA的psycinfo数据库与MIT的cognet数据库,新书多半可查到;

3、国家图书馆的英文新书非常齐全,多半可复印到,同时可辅以各高校藏书;

4、亚马逊,尤其是kindle直接购买电子书。

问题5:如何保存电子书?

好的,丹尼特这本书,我们假设已经查到了电子书。但是,从网上下载的电子书,命名乱七八糟,不一定符合你的规律,同时,能否自动将下载的电子书导入到Zotero库中?

有,这就是我之前在:Zotero(4):Zotero之Zotfile插件的使用 中介绍过的Zotfile插件。

安装办法仍然同上一个插件一样,我们在它的官网找到插件下载:

http://www.jlegewie.com/zotfile.html

假设,我们平时从网上下载电子资料,都放在【download】目录下面,那么,在插件中心那里,设置Zotfile的常用目录是【download】目录。如下图所示:

Zotero 15

继续:

Zotero 16

完工!未来我们下载电子书时,就会自动导入。它的原理是这样的:

1、假设在Zotero中,我们的鼠标正选中了丹尼特这本书的条目。

2、此时,我们通过浏览器,下载了这本书的电子版,保存在【download】目录下面。那么,插件Zotfile就会识别出来,并且默认认为这个电子文件是该条目的附件。然后自动导入过来。它默认支持pdf、doc、txt等格式,你也可以设置更多格式,如常用的epub、mobi格式,如下图所示:

Zotero 17

3、同时,导入文件成功后,会自动将文件重命名为【作者_出版年份_文献标题】这种格式。当然,你不喜欢这种文件名格式,也可以在刚才那里自定义其它命名方法。

成功后,如下图所示:

Zotero 18

以前那些乱七八糟的PDF怎么处理呢?我们可以将每本电子书拖到对应条目下面。然后批量重命名即可。如下图所示:

Zotero 19

问题6:如何写笔记?

好了,收藏狂们一般非常乐意干前面5个步骤,却不太喜欢干这个步骤:读书与写笔记。

Zotero现已支持用Markdown格式写笔记,强!步骤如下,

1)在插件中心,安装Markdown here插件,http://t.cn/8kxA5bG

2)重启后,找到条目,然后新建一笔记,如下图所示:

Zotero 20

我们开始用Markdown语法写笔记。这是笔记原文。

Zotero 21

按下快捷键:【ctrl+alt+m】,你用Markdown写的笔记就生成为漂亮的文档了!下图是生成效果:

Zotero 22

什么?你还在问:Markdown语法是什么?枉我推广这么久。。。

去读这里:Markdown在线写作速成

问题7:Zotero如何配合altmetric分数?

什么是altmetric分数?它可以查出在论文互引网站、推特、科学博客、专业科学媒体上对论文的议论等。 当然,仅限国外科学媒体。

Zotero如何配合使用?我之前的两篇老文章介绍比较详细了,

这里重点讲讲平板上,如iPad上如何配合使用。

科技发展真快,zotero配合altmetric分数,可以按照论文社交媒体影响力,来排序了。这样同行在看的重要论文一目了然了。如下图所示:

Zotero 23

将文献按照altmetric分数排序即可。然后社交媒体影响越大的,就越排在前面。扫了一下今年我看的论文,同行热议的,集中在:

问题8:看资料看晕了,怎么办?

有一种学问,叫做【科学计量学】,研究【科学的科学】,之前也写过很多文章介绍了。比如这篇:

其实,Zotero也可以完成类似任务。这就是我之前介绍过的papermachine插件。下载地址在这里:

How to Use Paper Machines | Paper Machines

对一个类别论文进行【文献可视化】分析,结果如下。先看词云(Word Cloud)的分析结果,如下图所示:

Zotero 24

再看看Topic Modeling的分析结果。如下图所示:

Zotero 25

前者可以看出该子类论文关键词;后者可看出从1990到2010年,该研究领域随时间的动荡。当然,我选择的示范数据不好,并不能体现出其厉害之处。

一个不算遗憾的小提醒是,papermachine插件目前只支持英文等语种论文分析,另一个问题是,它对版本兼容性要求较高。

问题9:mendeley与 Zotero,哪个更好?

这又是一个读者老问我的问题,谁叫这个世界上,有一种叫做【选择障碍】的病。这么说吧,开源世界的发展速度快于你的想象。 mendeley 被商业公司收购后,很多拥抱开放科学理念的科学家,开始抵制mendeley了,转投Zotero怀抱。如这位:

昨晚帮大家,再次测试mendeley,看一下它最新进展如何,结果还是不得不放弃,安心用我的zotero。它的缺点有什么呢?

贵阳小杨哥(http://blog.yesmryang.net/tags/Zotero/),也是忠实的开源软件Zotero推广者,在我的微博评论下,补充道:

Zotero早就可以把「附件」和「题录」分开放置了!附件放Dropbox/skydrive/百度盘什么的,20G不是问题!

小结

开源程序的发展速度往往超出人们想象。目前Zotero引领的开源引文格式项目——CSL,已经突破六千多期刊。以致商业科技出版公司的人不敢相信。每过一些日子,你又会发现一些好用的小技巧。隔一段时间,对天天用的软件,更新使用模式,是个好习惯。同时,开源程序总具备一种质朴的美。Zotero将电子书或PDF、笔记、引用文献三者放在一起,从下载电子书或PDF,到阅读、做标注、写笔记,再到引用,一条龙服务,非常方便。有特别不满意的地方,源代码公开了,自己修改就好了。

我们还可以自定义这些zotero搜索类别:【2013年看过的书】、【2013年看过的论文】与【2013年写过的读书笔记】、【2013年阅读的最重要的论文】或者【2013年同行评价最高的论文】。年底这么整理一下,温故而知新,也很有成就感:D

相关旧文

本文假设你已经详细阅读过前面五篇,对Zotero有一定基础了。

Q1. 如何批量抓取PDF文档,快速了解研究者重点

在前面的文章中,你应该学会一个重要技巧了,就是通过【google学术】,根据作者名字或者论文名字,搜索出论文全文,然后批量保存到Zotero中。

但是,现实生活中,还常常存在另一类需求。就是作者很慷慨地提供了自己所有论文的PDF文档,列在个人网站上,以备同行引用。

因为作者自己提供的文档往往清晰度更高、比【Google学术】中根据作者名字搜出来的更齐全一些。怎么批量下载,然后导入到Zotero中?让我们来举个例子。

APA今年的奖评刚出来了。每年这些奖项里面,【早期职业生涯贡献奖】 与 【杰出贡献奖】 参考价值不错,一个代表心理学未来,获奖者:http://t.cn/8kxCp3n 一个代表心理学过去,获奖者:http://t.cn/8kxCp3E

其中,Linda B. Smith很猛,近两年双丰收。才拿2013年侧重认知科学基础卓越贡献奖的David E. Rumelhart奖(现在火爆的深度学习大牛Hinton是第一个拿这个奖的),今年又拿 【杰出贡献奖】 。她的个人主页:http://t.cn/8kxphwG

我们就以她的论文为例。

步骤如下:

1、安装一个chrome的批量下载插件:

Chrome Web Store - DownloadAll

2、访问Linda B. Smith提供出版物的网页,她恰巧在自己的个人网站上,提供了PDF全文列表,网址如下:

Cognitive Development Lab - Indiana University. Bloomington

点击该插件,如下图所示:

Zotero 1

选择后缀为pdf,开始下载。如下图所示:

Zotero 2

牛人发的论文就是多,一百多篇,咱们可以去喝杯咖啡,让它慢慢下载,如下图所示:

Zotero 3

3、打开Zotero,新建一个目录,用于导入这些pdf,比如,我们建个目录,叫做:Linda B. Smith。

Zotero 4

4、然后将下载的pdf文件,全部拖入到Linda B. Smith这个目录即可。如果你实在不知道怎么拖,就这么来,找到:【链接文件副本。。。】,然后按住shift键,选中所有下载的pdf文件。如下图所示:

Zotero 5

如果PDF文件太多,电脑内存较少,请注意别死机,可以考虑分批链接。

5、接下来,我们根据下载的PDF,批量生成文献信息,如下图所示,选中所有PDF文件,右键:

Zotero 6

有些没找到文献信息的PDF,要么是年代过早,要么是版本保护问题,咱们先不管它。也请特别注意,一次别更新太多文献信息,【Google学术】目前有同一时间请求数量限制,50篇以内最好,超过后请稍候片刻。

Zotero 7

6、最后,看一下所有论文的【google学术引用次数】,按照【其它】字段排序。这样,我们就可以知道Linda B. Smith的核心论文是哪几篇了。

Zotero 8

Q2. 如何建立自己的个性化知识库

今天,受我鼓吹,开始用Zotero的几位朋友,都在问我同一个问题:为什么不能保存国内某某网站、某某网站呢?

答:这是设计哲学的不同,它只默认抓取高质量信息,如google学术、science、经济学人、华尔街日报这些。 国内那些信息质量差的网站,不看也罢。

这是Zotero已支持的信息来源:http://t.cn/zTqrKc3

你可以自定义更多信息来源,或拍个网页快照来保存。如下图所示:

Zotero 9

自定义信息类型与网页快照的区别是,网页快照不区分网页来源,也不进行个性化处理。无论来自什么网站,都统一是拍个快照。自定义信息类型,则可以进行更多精细加工处理。比如,将Zotero知识库列出什么菜谱、TED视频、问答。未来,你可以基于这个自定义信息类型,去进行更多的操作。你可以将它理解为一种对网上半结构化信息进行处理的手段。

在Zotero中,这个自定义信息类型,一般叫做:translators。有以下四种:

第一种是最常用的。我们可以借助于Web translators,定义自己的TED视频库、菜谱库。。。只要你想得到,都可以处理。第一次定义成功后,未来,你再次访问时,直接网页收藏即可。

那么,如何自定义信息库呢?自定义Zotero抓取信息类型非常容易,无需太多编程知识,只需对github与js有点基础就可以了。 Zotero也提供了一个插件,参见该插件:http://t.cn/8k6CVsb 与该文档:[dev:translators [Zotero Documentation](http://www.zotero.org/support/dev/translators)

小结

本文介绍了两个Zotero实用技巧。一个是当研究者提供了所有出版物时,如何批量下载,以及根据批量下载后的PDF生成文献引用信息,继而根据【google学术引用次数】找出她最重要的论文;一个是,如何保存任意网页,并根据自己个性化需求,开发自定义的translators,从而打造一个个性化的知识库。